vector的操作方法

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1、Vector的操作方法一）对分子序列的操作我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析A，DNA序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。首先使用VectorNTI的CreateNew命令将此序列导入到VectorNTI的数据库中：1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule才菜单中的CreateNew——UsingSequenceEditor（DNA/RNA……）；2，在出现的“NewDNA/RNAMolecule”对话框中，首先在Genera

2、l填入导入序列的名称——PGH；3，在DNA/RNAMolecule活页中，选中LinearDNA，Animal/otherEukaryotes，RepliconType中选Chromosome；4，Description中填入：S.ScrofaGrowthhormonemRNA;5，在SequenceandMaps中点击“EditSequence”按钮，将DNA序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击“Molecule”菜单-Open-Mo

3、leculefiles命令，找到序列文件，在Fileformat中选中GenBankFiles；点击OK。（二）常规操作：当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。下面一个窗口显示的是序列：默认状态下以双链形式出现，也可以更改为单链显示。1．选择序列区域：在图形区域或序列区域直接拖动鼠标左键，同时在最下端的状态栏中显示出所选区域的范围。2．删除：选中后直接点击键盘上的Delete键，确认后即可删除。3．选中序列片段后，点击Edit菜单，用其

4、中的命令可以完成对此片段的剪切、复制、删除、定义为新的特征区和用其它序列来代替等。4．当点在其一特定位置时，我们也可以在此位置插入新的序列：Edit–New–InsertSequenceas5．当希望序列显示单链时，点击View–ShowBothStrands（三）常规分析：1．设计PCRSequencePrimer,Hybridization,Probes：选中设计引物的模板区或点击Analyze中的相应命令即可。需要注意的是，在设计前，首先得将序列存入数据库中，具体设计由于我们推荐使用Oligo，所以此处不详述。2．序列基本

5、信息分析：选中序列区段后，选Analyze–OligoAnalysis,在OligoAnalysis对话框中，点击Analyze按钮，即可得到分子量、GC含量、Tm值、3‘端的自由能、回文结构及重复序列等基本信息。3．酶切图谱分析点击Analyze菜单中RestrictionSites命令，出现“RestrictionMapSetup”对话框，点击Add按钮，填入需要分析的位点，不需要的位点夜可以选中后点Remove按钮移除。为了显示正确，我们可以设定超过一定位点数量的酶不显示，可以限定分析的区域等。点击OK后程序自动完成酶切分

6、析。4．Motif查找点击Analyze菜单中的Motifs命令，在出现的MotifsSetup对话框中我们可以添加新的Oligo或从OligoDatabase和OligoList中选取；选中后点击OK按钮，程序完成Motif的查找，同时给出相似性的百分比。5．ORF查找点击Analyze菜单中的ORF命令，在出现的ORFSetup对话框中，填入ORF的最小长度（多少个密码子）以及其它一些设定后点击OK，程序自动完成ORF的查找。6．翻译翻译前选中一个ORF或一个区域，这里我们希望把pGHcDNA基因完全翻译成蛋白质，因此选中最

7、长的一个ORF（7－657bp）。点击Analyze菜单中的Translate命令中的“IntoNewProtein”-“DirectStrand”,在出现的“NewProteinMolecule”对话框中给出新蛋白质的名称后点击确定，程序完成翻译并打开一个新的窗口，显示氨基酸序列。7．反翻译选中氨基酸序列片断，点击Analyze菜单中的BackTranslate命令，确认是“整个序列”还是“仅为选中的序列”后，即可设定简并度及组织特异性来完成反翻译。（三）模拟电泳：模拟电泳是指对DNA片段进行酶切分析后，通过电脑模拟电泳过程，

8、将酶切片段分离。该功能有利于评估电泳时间，便于验证实际电泳结果的好坏。1．点击Gel菜单–CreateNew命令：出现GelSetup对话框，首先选择电泳介质的类型－“AgaroseGel”，以及胶的浓度、电压、胶长和Buffer种类。2．点击OK后即打开一个电