fasta序列查询方法

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1、1.FASTA序列查询及含义登录NCBI官方网站（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）[NationalCenterforBiotechnologyInformation]用NCBI查找到你所需要的序列（核酸、蛋白质），如下图所示图中有你所搜索的基因的名称、来源物种、长度、发现方式、发现年份、编号和描述点击FASTA，得到FASTA序列FASTA格式是指序列文件的第一行是由大于符号打头，之后跟随文字说明，第二行是序列本身，使用标准的核苷酸或蛋白质单字母符号，每行通常为60个字符（不超过80个字符）。对于核酸序列，除了为大

2、家所熟知的A、G、C、T、U外，R代表C或A（嘌呤）；Y代表T或C（嘧啶）；K代表G或T（带酮基）；M代表A或C（带氨基）；S代表G或C（强）；W代表A或T（弱）B代表G、T或C；D代表G、A或T；H代表A、C或T；V代表G、C或A；N代表A、G、C、T中任意一种。1.编码的氨基酸序列在核酸序列界面的右下角有Protein选项，点击后即可进入氨基酸序列得到的序列依然是使用FASTA格式的。1.蛋白质功能域在蛋白质FASTA格式界面点击RUNBLAST，相当于BlASTp，能与蛋白质数据库进行比对，得到其功能域结果1.在基因组上的位置在核酸FA

3、STA格式界面上，在其右下角的Relatedinformation一栏中点击mapviewer，即可得到该基因在基因组上的位置。上图所示，即为该基因在基因组中的定位（小鼠CD40基因位于二号染色体165,053,700-165,073,600bp处）1.ORF(开放度码框)ORFFinder是指基因的开放度码框进入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html将FASTA格式文本添加到序列区或者直接输入该基因的编码1.GpC岛的预测GpC岛是指基因组中富含双碱基的序列。进入http://www.ebi.a

4、c.uk/Tools/seqstats/右侧Cpgplot(EMBOSS)一栏中选择LaunchCpgplot选项。将FASTA格式文本加到序列区或直接导入该基因文本。点击左下角的Submit选项。1.转录终止信号预测（polyA）polyA是基因转录的末端。进入http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=polyah&group=programs&subgroup=promoter将FASTA格式文本加到序列区或直接导入该基因文本。1.启动子序列进入http://www-bimas.cit.n

5、ih.gov/molbio/proscan/将FASTA格式文本加到序列区。1.基因功能进入http://www.uniprot.org/Uniprot中查找你所要寻找的基因找到你所做的物种的那一项，比如本篇中就是mouse点击你所要查找的物种该蛋白的名称，得到图中的结果，即能得到基因功能结果在图中继续向下拉滚动条，能找到亚细胞定位在Ontologies栏目最下方有GO分类链接能得到具体的GO分类信息1.进化树分析进化树我用的是MEGA5，网页那个没有听。MEGA5,可以到官网下载，这已是最新的5.22版本。http://pan.baidu.

6、com/s/1uwfCZ操作过程如下（1）检索数据库，如下图（2）检索数据库时会在软件中进入NCBI中，查找你所做的基因（3）接下来是添加基因，好像只能一个一个地添加，点击进入，得到genebank结果（4）接下来就可以直接添加序列信息了，如下图中，在右上角的添加按钮，点击就可以直接把序列信息添加到MEGA5中进行操作（5）依次添加多个序列。然后点击最上边的序列，按住Shift在点击最下边的序列，选定全部序列（6）导出序列，以便下一步构建进化树，导出为MEGA格式吧，其他的没有时间尝试（7）导出完成后在你所导出的目录下会有一个MEGA格式的文

7、件，在MEGA5主目录中用上述导出的文件构建进化树。（8）选择你的文件然后点击下图中的Compute,等待几秒钟，进化树就构建成功了1.蛋白质相互作用http://string-db.org/搜索基因，例如CD40选择你所对应的物种，点击Continue然后蛋白质相互作用的关系就能得到了，点击对应的蛋白还能得到详细的信息1.可变剪切http://wangcomputing.com/assp/index.html把序列粘贴到对应位置，点击Submit即可得到可变剪接的分析结果