复旦大学超算中心.doc

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1、复旦大学超算中心MPI使用情况说明复旦大学计算中心MPI使用情况说明曙光公司为复旦大学计算中心提供了丰富的MPI通讯库。主要有如下几种：1.INTELMPI是INTEL公司提供的高性能MPI，同时支持Infiniband、TCP两种网络，安装路径为/home/software/mpi/intel/impi/4.0.1.0072.MVAPICH2是MPI接口在Infiniband网路上的MPI2实现版本，在Infiniband上具有较高的性能。安装路径为/home/software/mpi/mvapich2-1.4-gnu/home/software/mpi/mvapi

2、ch2-1.4-intel3.OpenMPI是MPI2实现的高性能的MPI，可以运行于任何网络上。安装路径为/home/software/mpi/openmpi1.4.2-gnu采用gcc4.1.2和gfortran编译/home/software/mpi/openmpi1.4.2-intel采用icc11.0和ifort11.0编译下面将以cpi为例，介绍不同的MPI利用作业调度系统运行的方法。4.作业调度系统上MPI使用举例4.1INTELMPI环境变量设定为：##forimpi#./home/software/compiler/intel/11.1/072/bi

3、n/iccvars.shintel64./home/software/compiler/intel/11.1/072/bin/ifortvars.shintel64./home/software/mpi/intel/impi/4.0.1.007/bin64/mpivars.sh测试脚本为：ysma@login.nebulae~/work/mpi/impi>cat1.job.impi#!/bin/bash-x#PBS-Nmycpi#PBS-lnodes=2:ppn=8#PBS-lwalltime=00:08:00#PBS-joe##definevariables#n_p

4、roc=$(cat$PBS_NODEFILE

5、wc-l)#runningjobs#cd$PBS_O_WORKDIR##SetuptheMPItopology#time-pmpirun--rsh=ssh-envI_MPI_DEVICErdma:OpenIB-cma-np${n_proc}./cpiexit04.2：MVAPICH2环境变量设定为：PATH=/home/software/mpi/mvapich2-1.4-intel/bin:$PATH/bin:$PATH运行脚本为：dolphin@login.nebulae:~/work/mpi/mvapich2>cat1

6、.job.mvapich2#!/bin/bash-x#PBS-Nmycpi#PBS-lnodes=2:ppn=8#PBS-lwalltime=00:08:00#PBS-joe#definevariables#n_proc=$(cat$PBS_NODEFILE

7、wc-l)##runningjobs#cd$PBS_O_WORKDIR##SetuptheMPItopology#time-p/mpirun_rsh-ssh-np${n_proc}-hostfile$PBS_NODEFILE./cpiexit04.3:OpenMPI环境变量设定为：PATH=/home/softw

8、are/mpi/openmpi1.4.2-intel/bin:$PATH运行脚本为：#!/bin/bash-x#PBS-Nmycpi#PBS-lnodes=2:ppn=8#PBS-joe##definevariables#n_proc=$(cat$PBS_NODEFILE

9、wc-l)##runningjobs#cd$PBS_O_WORKDIR##SetuptheMPItopology#time-pmpirun--mcabtlopenib,self-np${n_proc}./cpiexit0