分子动力学、过渡态搜寻、能阶修正.doc

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1、1.先製作一個H2的模型，其預設鍵長恰為0.74埃2.為了讓縮放過程明顯我們先改變H2的鍵長。先在Properties的Distance中雙點Distance，將值改為0.8埃3.如圖我們可見到H2的鍵長已變為0.8埃4.再來就要進行計算。CASTEPTools->Calculation5.在Setup中，運算分子動力學時，Task我們要選擇Dynamics。而為了運算方便我們Quality選擇Coarse，Functional選擇LDA。然後點選"More..."，進行Dynamics的進階設定6.如圖我們可以看到Ensemble有4種方法，在

2、此我們只看H2在真空中振動的模式(為獨立系統與外界無熱交換)，所以我們使用NVE(粒子數、體積、總能固定)就可以7.另外Numberofsteps使用20，以加速計算(只看個少步數的動態就行)7.再來於JobControl中選擇要運算的機器，我們使用本機電腦就行，點選Run後便會開始進行計算8.因為運算結果會以動畫方示呈現，所以請先確定Animation工具列是否開啟。點選View->Toolbars->Animation9.開啟後便會見到如圖所示的工具列10.當Job運算成功後，在Project中雙點Job_NameTrajectory.xtd

3、開啟此檔11.我們便可見到如下圖所示的視窗12.再來我們想看分子動力學的變化我們只要點選Animation工具列的Play，便會進行播放。此時我們可以看到鍵長會有動態的改變13.如果播放速度太快，可以於Animation工具列的AnimationMode中點選Options設定14.將Playbackspeed往Slow方向拉變會降低播放速度1.先建造一個反應物的模型，在此我們用的例子是H2吸附於Pd表面(模型建造請參考Help中的TransitionstatesearchingusingLST/QSTtools)，命名為reactants2.再

4、建造一個生成物的模型(模型建造請參考Help中的TransitionstatesearchingusingLST/QSTtools)，命名為products3.反應物及生成物視結構最佳化後，將反應物與生成物的模型皆開啟，選擇Tools->ReactionPreview，開啟"ReactionPreview"對話框4.用游標按下在"Reactant"選項右方的下拉箭頭後載入反應物的結構reactants，點擊後即選定；同上，使用游標按下在"Product"選項右方的下拉箭頭後載入生成物的結構products，點擊後即選定。然後按下"Match...

5、"5.便會跳出"FindEquivalentAtoms"對話框，此對話框是要比對反應前後的反應物以及生成物的結構，其中包含的原子各自的位置對應關係。在此對話框中可以分為左邊為反應物而右邊為生成物中各包含哪些原子的預覽窗格；其中在綠色資料夾裡面的是已經比對完成的原子，而在紅色資料夾中的則是尚未比對完成的原子。先點選"AutoFind"進行自動比對，再手動比對未完成的原子(選擇原子時，模型中的對應原子會變色顯示以便核對)。如圖未完成比對的部份先雙點2xH後選擇reactants中的7:H再選擇products中的7:H7後點選"SetMatch"，便

6、會完成配對6.依上一步再逐一手動比對未完成的原子7.剩下的原子只需選擇"AutoFind"就能自動比對完成了8.最後如圖所示已全部比對完了。總之，FindEquivalentAtoms對話框的動作主要是使用下方的"AutoFind"功能進行自動比對，或是在上方反應物以及生成物各別的預覽窗格的紅色資料夾中自己選定想要比對的原子(每次的反應物以及生成物中的原子各自都只能選擇一顆)，使用游標按下下方的"SetMatch"選項，即可完成一組反應物以及生成物中的原子比對，若是比對錯誤，可以使用游標按下"Reset"來復原先前的比對動作；如此逐次完成比對的工

7、作直到紅色資料夾中再也沒有未比對完成的原子，即可關閉"FindEquivalentAtoms"的視窗。9.此時回到名稱為"ReactionPreview"的對話框中，其中的"Numberofframes"可以選擇要產生的Trajectory的檔案所使用的連續動作的畫面張數，而"Basepreviewonreactant"以及"Basepreviewonproduct"則是用來選擇要產生的Trajectory的檔案的初始畫面是反應物或是生成物的結構。使用游標按下視窗下方的"Preview"，就會產生一個名稱為"反應物名稱-生成物名稱"的新視窗，在名

8、稱為"Project"的預覽窗格中也會出現一個"反應物名稱-生成物名稱"的新檔案。在此我們"Numberofframes"使用10然後點