[理学]序列分析工具使用简介

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1、序列分析工具使用简介黄远森中山大学生命科学学院10/5/202111.数据库搜索工具---Blast(basiclocalalignmentsearchtools)2.多序列比对工具---Clustal3.进化树重建与分析工具---Phylip10/5/20212数据库搜索工具---Blast1.Blast与NCBI2.如何获得blast服务3.Blast的各个程序介绍4.一个简单的实例10/5/20213Blast与NCBI返回BLAST是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似的数据库搜索程序。NCBI提

2、供了在线的blast服务http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/10/5/20214获得blast服务返回1.使用NCBI提供的在线服务。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/优点：数据库更新快，使用方便，可随时查看搜索结果。缺点：受限与网络和程序运行速度，只能搜索固定的数据库。2,本地化的blast。a.服务器版http://sls.zsu.edu.cn/blast/http://life.zsu.edu.cn/blast/b.单机版(NCBI提供多种版本，包括DOS版

3、本)优点：即时返回结果，可以搜索特殊数据库。缺点：数据库的更新问题，操作性问题。10/5/20215Blast的各个程序介绍返回10/5/20216实例假设我们获得一个人类的蛋白序列，但我们不知道它具体是哪一种东西，我们可以通过blast搜索，看看它可能是什么东西。>phenylalaninehydroxylaseMSTAVLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCNQNGAISLIFSLKEEVGALAKVLRLFEENDVNLTHIESRPSRLKKDEYEFFTHLDKRSLPALTNIIKILRHDIGATVHEL

4、SRDKKKDTVPWFPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVEYMEEEKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEYNHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQTCTGFRLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCTQYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFSDRSFAQFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYWFTVEFGLCKQGDSIKAYGAGLLSSFGELQYCLSEKPKLLPLELEKTAIQN

5、YTVTEFQPLYYVAESFNDAKEKVRNFAATIPRPFSVRYDPYTQRIEVLDNTQQLKILADSINSEIGILCSALQKIK返回10/5/20217实例返回第一步：登陆NCBI的Blast页面，选择blastp程序，将所要搜索的序列粘贴到查询窗口。10/5/20218实例第二步：设定好参数后点击blast，开始搜索。任务提交后，返回一个查询id。根据该id可以在任意时候查看查询结果。返回10/5/20219实例第三步：返回查询结果。返回10/5/202110实例返回10/5/202111实例返回10/

6、5/202112多序列比对工具－clustalClustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由HigginsD.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，windows版本的clustalx等。10/5/202113Clustalx的工作界面（多序列比对模式）10/5/202114Clustalx的工作界面（剖面(profile)比对模式）10/5/202115Clustal的工作原理Clustal输入多个序列快速的序列两两比对，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵。邻接法

7、(NJ)构建一个树（引导树）根据引导树，渐进比对多个序列。10/5/202116Clustal的应用1.输入的文件格式。FASTA，NBRF/PIR,EMBL/SwissProt,GDE,CLUSTAL,GCG/MSF.2.两种工作模式。a.多序列比对模式。b.剖面(profile)比对模式。3.一个实际的例子。10/5/202117多序列比对实例输入文件的格式(fasta)：>KCC2_YEASTNYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN……>DMK_HUMANDFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYA

8、MKIMNK…….>KPRO_MAIZETRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN……>DAF1_CAEELQIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD……>1CSNHYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNL