基因组启动子序列数据库和web应用系统的构建

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1、分类号学号2004612100288学校代码10487密级硕士学位论文基因组启动子序列数据库和web应用系统的构建学位申请人：李瑾学科专业：计算机应用技术指导教师：周艳红教授陆枫副教授答辩日期：2007年1月26日AThesisSubmittedinPartialFulfillmentoftheRequirementsfortheDegreeofMasterofEngineeringConstructionofthegenomicpromotersequencedatabaseandwebapplicationsystemCandidate:LiJinMaj

2、or:ComputerApplicationTechnologySupervisor:Prof.ZhouYanhongAssociateProf.LuFengHuazhongUniversityofScience&TechnologyWuhan,Hubei430074,P.R.ChinaJanuary,2007独创性声明本人声明所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除文中已经标明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果。对本文的研究做出贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意

3、识到，本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权华中科技大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在_____年解密后适用本授权书。本论文属于 不保密□。（请在以上方框内打“√”）学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日华中科技大学硕士学位论文摘要识别和收集基因组启动子及其转录

4、起始位点是目前基因组研究中的重要论题。参与研制了启动子及其转录起始位点预测系统。面对急剧膨胀的基因组序列数据，传统的生物学方法已很难满足启动子识别的需要，采用计算的方法高通量地预测启动子序列显得至关重要。通过构建启动子的线性对数模型，有效利用了近端启动子序列特征和距转录起始点的相对位置不同的启动子序列在序列特征上存在的显著差异性，参与开发了哺乳动物蛋白质编码基因启动子及其转录起始位点预测软件ProKey。比较测试结果显示，系统的综合预测精度优于著名软件DGSF和Eponine。设计与建立了基因组启动子序列数据库。一方面，通过考察国际上著名的基因组启动子注释相

5、关数据库，对众多数据资源进行了分析和处理，提炼出了具有实验证据或经过人工验证的可靠的启动子数据。另一方面，利用预测软件ProKey对人类基因组进行了预测。对获得的可靠和预测的基因组启动子及其转录起始位点数据集进行了分析和整理，选择数据库管理系统Mysql对其进行存储和管理。建立了基于B/S模式的基因组启动子序列数据库web应用系统，提供了基因组启动子及其转录起始位点数据的web发布。对现今的web数据库技术进行分析，以用户容易理解和操作的方式来设计和实现了数据的文本检索。设计了基因组启动子及其转录起始位点的可视化展示方式，基于以染色体为中心的导航策略实现了基

6、因组启动子及其转录起始位点的可视化浏览，基于SVG文本式矢量图形描述语言完成了基因组启动子可视化浏览器的制作。关键词：启动子，启动子预测，基因组启动子数据库，可视化浏览器I华中科技大学硕士学位论文AbstractIdentificationandcollectionofgenomicpromotersandrelatedTSSbecomesacrucialproblem.Participatedinimplementingacomputationalsystemforpredictingpromotersand relatedtranscriptionsta

7、rtsites(TSSs).Thebiologicmethodshardlytacklethewhole problemwiththeexplosionofgenomicsequences,sothecomputationalpredictionof genomicpromotersbecomesanissueofconsequence.Alogitlinearmodelisdesignedto modelthepromotersforeffectivelyintegratingtheproximalpromoterinformationandthe dif

8、ferentsequencecharacterist