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1、7系统发育标记基因在芽胞杆菌分类鉴定中的应用项目：国家973项目前期研究专项(2011CB111607)；农业部“引进国际先进农业科学技术”重点项目（948项目）（2011-G25）通讯作者：刘波Tel:+86-591-87882571;Fax:+86-591-87882571;E-mail:liubofaas@163.com。作者简介：田潇娜（1983-），汉族，硕士研究生，主要从事芽胞杆菌分类方面研究。E-mail:610946356@qq.com收稿日期：；修回日期：田潇娜1，2，刘国红1，2，刘波1*，林营志1（1福建省农业科学院农业生物资源研究所福州350003，2福建农林大学福
2、州350002）摘要：芽胞杆菌是一种能产生对热、紫外线、电磁辐射和某些化学药品具有强抗性的芽胞，能够在多种不良环境下存活，具有特殊功能的菌株，在生产实践中已广泛应用。芽胞杆菌特殊的生物学特性及其功能，决定了其分类鉴定的重要性。但由于芽胞杆菌系统发育的复杂性，对其鉴定的方法需要不断完善。随着分子生物学的发展，传统鉴定细菌的方法，被一种可定量、较精确的以可翻译核苷酸序列为基础的分析方法所取代。即以进化速率不同的分子为研究对象，进行芽胞杆菌系统发育关系分析。以核苷酸序列为基础的分析，要求选择合适的靶基因进行比较分析。非编码蛋白基因如16SrRNA基因是目前使用较为广泛的菌株鉴定标记，但比较而言，
3、由于密码子的简并性，蛋白编码基因具有更大的变化，在细菌的鉴定中提供了更精确的进化信息。近年来不断有系统发育标记基因被发现并使用，gyrB、gyrA基因作为DNA促旋酶的亚单位基因，在DNA的复制中起着重要的作用，在大多数细菌中以单拷贝的形式存在细菌基因组中，比较保守，在蜡状芽胞杆菌，短小芽胞杆菌等的鉴定中已被使用，rpoB基因编码RNA聚合酶的ß亚单位，作为菌株鉴定和系统进化的标记可以用来鉴定炭疽芽胞杆菌和固氮类芽胞杆菌等菌株，还有cry基因等作为系统发育标记在芽胞杆菌的鉴定中被应用。本文就近年来使用较多的分子标记基因，如gyrB、rpoB和gyrA、rpoD等基因在芽胞杆菌分类鉴定中的应
4、用做以综述。关键词：系统发育基因；gyrB、rpoB和gyrA、rpoD；芽胞杆菌；系统分类ApplicationofphylogeneticmarkerinBacillustaxonomyTianXiao-na1,2,LiuGuo-hong1,2,LiuBo1*,LinYing-zhi11.AgriculturalBio-resourceResearchInstitute,FujianAcademyofAgriculturalSciences,Fuzhou350003,China；2.FujianAgricultureandForestryUniversity,Fuzhou350002,
5、China;Abstract:Bacillus,strainsproducessporesthatstrongresistancetoheat,ultravioletlight,electromagneticradiationandcertainchemicals,cansurviveinavarietyofadverseenvironment,whichwithspecialfeatures,havebeenwidelyusedinpractices.BecauseofspecialbiologicalcharacteristicsandfunctionsforBacillus,itsc
6、lassificationandidentificationisparticularlyimportant.duetothecomplexityoftheBacillusphylogenetic,thestrategyofidentificationneedtobeimprovedconstantly.Withthedevelopmentofmolecularbiology,traditionalidentificationofbacteriainsomerespects,soitisaquantitative,moreaccuratetranslationofthenucleotides
7、equence-basedanalysismethodstoreplaced.ThatstudyingthephylogeneticrelationshipsofBacillusbydifferentmolecularevolutionaryrate,phylogeneticanalysisbasedonthenucleotidesequenceanalysisrequiredtoselecttheappropriate
