西北农林科技大学经济管理学院.doc

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1、西北农林科技大学农学院教案2015——2016学年第1学期教研室遗传学课程名称生物信息学授课对象种科系2013级本科生授课教师童维职称职务讲师教材名称《生物信息学》2015年6月2日《生物信息学》课程教案章节名称:第三章生物信息学基础第三节perl语言编程-哈希课堂讲授(1),实践课(1)教学时数1教学目标：1.理解哈希（hash）的概念2.理解哈希与数组的区别3.掌握哈希的赋值、读取4.掌握哈希的应用，体会哈希的优势授课内容要点:1.简要回顾上节课讲述的perl语言编程的文件句柄操作、正则表达式。请同学回答上次所留

2、作业题“编写一程序，判断给出的DNA序列中是否包含TATAbox区域？”；进行解答：2.导入：编写一perl程序，按照三联体密码子（codon），实现将一段mRNA序列翻译为蛋白质序列。依靠前述讲授的数组（元素中存有密码子及相应氨基酸）实现，需要反复循环，效率较低。有没有更高效的实现方式呢？3.哈希（hash）的概念，及与数组的区别哈希（hash）：又称为关联数组，是将任何标量（而非正整数）作为索引值的数组。以%为标示符。哈希与数组的区别：哈希本质上是二维数组（或称为关联数组），其索引值是任何标量，但数值的索引值则是

3、正整数。4.哈希的赋值%hash=(“Alice”,79,”Bill”,79,”Cindy”,58)；%hash=(“Alice”=>79,”Bill”=>79,”Cindy”=>58)；5.哈希的读取1)%hash{key}2)用foreach循环对hash读取每个元素。函数keys%hash表示提取并返回hash中的索引值；函数sort可进一步对函数key返回的索引值进行排序；foreachmy$k(sortkeys%hash){print”$hash{$k}”;}6.掌握哈希的应用回答课前提出的问题：编写一

4、perl程序，按照三联体密码子（codon），实现将一段mRNA序列翻译为蛋白质序列；用哈希来实现，无需循环，直接引用即可。1.布置学生课后作业题（下节课解答）：编写一Perl程序，将如下三种限制性酶切位点的序列及其名称存为一个hash，并输出hash表，以及“HindIII”的序列：EcoR1:GAATTCBamH1:GGATCCHindIII:AAGCTT教学重点：1.哈希与数组的区别2.哈希的赋值及读取教学难点：1.理解哈希的优势2.哈希在程序编写中的应用教学方法：讲授，多媒体+程序演示课堂讨论题、思考题、作业

5、：1.哈希与数组的区别？哈希应用的优势2.编写一Perl程序，将如下三种限制性酶切位点的序列及其名称存为一个hash，并输出hash表，以及“HindIII”的序列。参考资料（含参考书、文献等）：《基础生物信息学及应用》，蒋彦等，清华大学出版社《生物信息学—基因和蛋白质分析的使用指南》，李衍达，清华大学出版社《生物信息学》，赵国屏，科学出版社《生物信息学手册》，郝柏林，上海科学技术出版社备注:1.通过不同的mRNA翻译程序的实现方式，让学生体会哈希与数组的区别，及其独特优势。