plink命令汇总情况

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1、关联分析步骤个人总结，还一些问题待解决已有1570次阅读 2013-2-620:34 

2、个人分类:科学笔记

3、系统分类:科研笔记

4、关键词:安装软件个人总结style 希望查看此贴的同仁们对步骤提出改进，指出不足，谢谢！  一、软件安装和存放 1.       将plink文件直接放在D盘 ；将map和ped文件拷贝到plink文件下面，保证和在一起；2.       Ped文件的格式和map文件都是先弄成txt文件，再直接更改文件后缀。可以在excel里先将需要的格式把数据排列好，再将excel保存为txt，再

5、改txt后缀为ped或map.1） (.PED) 文件的前六列是强制的格式，依次为：ped文件包含内容的顺序依次为以下信息备注FamilyID可以用1,2,3,4……表示IndividualID用入库编号表示PaternalID可以用0表示MaternalID可以用0表示Sex1=male;2=female;other=unknownPhenotypecontrol设定为1，case设定为2Genotype如AT，中间空一格，缺失用0补平2） (.MAP) 文件包括以下的四项：map文件包含内容的顺序依次为以

6、下信息备注chromosome1-22,X,Yor0ifunplacedrs#orsnpidentifierrs号Geneticdistance(morgans) 可以用0代替Base-pairposition(bpunits)用NCBI上的染色体起始位置3）协变量信息： 协变量先单独建立一个文件，要txt格式的，比如有10个协变量，我命名为var01.txt。这个文件必须放在和ped，map和plink.exe文件一起。Var文件是先在excel格式里面整理好，删除第一行协变量的表头，但自己要单独记下来每列

7、代表的意思，然后转化成txt文本格式，就是另存为txt。顺序依次为：familyID，个体ID，后面就是协变量了（number1-10），空缺的信息的用-9补全。 二、软件启动开始——运行——cmdC:DocumentsandsettingsAdministrator>cdC:DocumentsandsettingsAdministratorC:DocumentsandsettingsAdministrator>d:D:>cdplink 三、软件运行的命令 前提是冠心病数据文件分别为1.ped和

8、1.map；用file1 和bfile3的结果相似，那些限制性条件只是去掉了3个对照；单倍型分析，在同一染色体上且位置较近的SNP分析单倍型才有效，不同染色体上SNP的分析那是联合效应分析运行命令功能plink--file1--make-bed--out2转成二进制文件，2即为二进制文件了plink--bfile2--maf0.01--geno0.05--mind0.05--hwe0.001--make-bed--out3设定过滤数据plink--bfile3--filter-controls–hardy计算

9、control的hw，将hwe<0.05的位点过滤掉，23个SNP又去掉了2个SNPplink--bfile3--assoc--adjust--outassoc1等位基因的关联分析，每运行后及时更改文件名称（assoc1+时间）plink--bfile3--filter-females–assoc--adjust--out333女性样本关联分析plink--bfile3--filter-males–assoc--adjust--out444男性样本关联分析plink–bfile3–assoc–perm  pe

10、rmutation检验，就是模特卡罗模拟分析经验性的P值plink–bfile3–all--missing缺失率或得出率（callrate）分析，查看log文件结果plink–bfile3–model–outmodel1默认是卡方检验plink–bfile3–model–fisherfisher检验，但是结果比卡方检验差plink–bfile3–logistic--ci0.95--covarvar01.txt分析所有的协变量plink–bfile3–logistic–covarvar01.txt–covar-

11、number1,3,5只分析1,3,5这几个协变量plink–bfile3–logistic–sex plink–file1–logistic–ci0.95加性模式下分析plink–file1–logistic–ci0.95–dominant显性模式下分析plink–file1–logistic–ci0.95–recessive隐性模式下分析plink–file1–logistic–ci0.95–g