《r语言入门教程》ppt课件

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1、语言入门R语言入门报告内容一R简介二函数与对象三编写脚本四R绘图五编写函数六数据保存一R简介R语言的由来R语言是从S语言演变而来的。S语言是二十世纪70年代诞生于贝尔实验室，由RickBecker,JohnChambers,AllanWilks开发。基于S语言开发的商业软件Splus，可以方便的编写函数、建立模型，具有良好的扩展性，取得了巨大成功。1995年由新西兰Auckland大学统计系的RobertGentleman和RossIhaka，编写了一种能执行S语言的软件，并将该软件的源代码全部公开，这就是R软件，其命令统称为R语言。R软件简介R是开源软件，代码全部公开，对所有人免

2、费。R可在多种操作系统下运行，如Windows、MacOS、多种Linux和UNIX等。R需要输入命令，可以编写函数和脚本进行批处理运算，语法简单灵活。目前在R网站上约有2100个程序包，涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计学、生物信息学等诸多方面。下载和安装RTheComprehensiveRArchiveNetwork简称CRAN，提供下载安装程序和相应软件包。R主页http://www.r-project.org/Windows版本下载地址之一：http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/windows/base/R-2.9

3、.2-win32.exe下载完成后，双击R-2.9.2-win32.exe开始安装。一直点击下一步，各选项默认。图1R软件首页http://www.r-project.org/图2R登陆界面(Windows版)路径：开始>所有程序>R2.9.2菜单栏快捷按钮控制台命令行图3RGui的菜单介绍练习一：下载和安装R下载并安装R软件了解R的菜单R程序包为什么要安装程序包？特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。例如：系统发育分析，往往要用到ape程序包，群落生态学vegan包等等。程序包是什么？R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。Window下的R程序包是已经编译好的zip包

4、。每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。常用R程序包base-R基础功能包stats-R统计学包nlme-线性及非线性混合效应模型Graphics-绘图lattice-栅格图ape-系统发育与进化分析apTreeshape-进化树分析seqinr-DNA序列分析ade4-利用欧几里得方法进行生态学数据分析常用R程序包cluster-聚类分析ecodist-生态学数据相异性分析mefa-生态学和生物地理学多元数据处理mgcv-广义加性模型相关mvpart-多变量分解nlme-线性及非线性混合效应模型ouch-系统发育比较BiodiversityR-基于Rcmdr的生物多样

5、性数据分析vegan-植物与植物群落的排序，生物多样性计算常用R程序包maptools-空间对象的读取和处理sp-空间数据处理spatstat-空间点格局分析，模型拟合与检验splancs-空间与时空点格局分析picante-群落系统发育多样性分析图4CRANTaskViews：对程序包的分类介绍图5vegan包页面R程序包在CRAN提供了每个包的源代码和编译好的MacOS、Window下的程序包以vegan包为例，CRAN提供了：Packagesource:vegan_1.15-3.tar.gzMacOSXbinary:vegan_1.15-3.tgzWindowsbinary:

6、vegan_1.15-3.zipReferencemanual:vegan.pdf等Window平台下程序包为zip文件，安装时不要解压缩。R程序包安装1连网时，用函数install.packages()，选择镜像后，程序将自动下载并安装程序包。例如：打开RGui,在控制台中输入install.packages(“ape")2安装本地zip包路径：Packages>installpackagesfromlocalfiles选择光盘或者本地磁盘上存储zip包的文件夹。程序包使用在控制台中输入如下命令：library(vegan)library(ade4)调用程序包内的函数与R内置的函

7、数调用方法一样library(vegan)Thisisvegan1.15-3Warningmessage:package'vegan'wasbuiltunderRversion2.9.1练习二安装并导入程序包安装程序包程序包>从本地zip文件安装程序包调用程序包library(vegan)library(ape)查看帮助文件如何知道ape程序包内部都有哪些函数？最常用的方法：1菜单帮助>Html帮助2查看pdf帮助文档（从程序包下载页面下载）查看帮助文件1help("