ImageJ,图像处理与分析的得手利器.pdf

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1、ImageJ,AUsefulToolforImageProcessingandAnalysisImageJ，图像处理与分析的得手利器JoelB.SheffieldTempleUniversity天普大学DedicatedtothememoryofDanH.Moore(1909-2008)Presentedatthe2008meetingoftheMicroscopyandMicroanalyticalSocieties提供于显微学和微量分析协会2008年年会WhyImageProcessing?为什么进行图像处理？Toimprovetheappearanceoftheimag

2、e.为了改善图像的视觉效果Tobringoutobscuredetailsinanimage.为了展现图像中不易察觉的细节Tocarryoutquantitativemeasurements为了实现定量测量PartI.IntroductiontoImageJ简介History历史Advantages优势Resources资源MacbiophotonicsMailingList邮件列表Wiki百科BurgerandBurgeBasicMenuStructure基本菜单结构PartII–SpecialIssues专题问题Operationsonallpixelsinanimage

3、操作图像中所有像素点Thehistogram直方图Brightness亮度Contrast对比度LookUpTables查阅表RGBcolor红绿蓝色彩AspectsofAnalysisofanImage图像分析的诸多方面Measurement度量Calibration校准AreasandDensities区域和密度ConfocalSeries共聚焦系列BandpassFilter带通过滤器http://rsb.info.nih.gov/ijImageJ•AnadaptationofNIHimagefortheJavaplatform.美帝国家卫生研究院基于Java平台的图像

4、分析软件•CanrunonanycomputersystemsthatcanrunJava(SunMicrosystems)任何能够运行Java的计算机系统均可运行本软件•Opensource开源•Twopowerfulscriptinglanguages两种强大的脚本语言–JavaPluginsJava插件–MacroLanguage宏语言•ContinualUpgrades可持续升级•Activecommunityofseveralthousandusers数万活跃用户Resources资源ImageJWebSiteImageJ的网站为：http://rsb.info.n

5、ih.gov/ijMacbiophotonics:http://www.macbiophotonics.ca/imagej/Wiki:http://imagejdocu.tudor.lu/BurgerandBurge(arealbook!实体书):DigitalImageProcessing,AnAlgorithmicIntroductionusingJava;SpringerVerlag,2008IntroductiontotheMainMenu主菜单简介Ofthese,we’llconcentrateon:当然，我们将聚焦于：–Image图像菜单–Process处理菜单–

6、Analyze分析菜单–Plugins插件菜单–Help帮助菜单ImageMenu图像菜单ProcessMenu处理菜单AnalyzeMenu分析菜单PluginsMenu插件菜单HelpMenu帮助菜单TheImageHistogram图像直方图直方图展示像素点值的数量，忽略其LogScale位置。日志文本允许微量组分的可视对数坐标轴化。注意，有未使用的像素值。Thehistogramshowsthenumberofpixelsofeachvalue,regardlessoflocation.Thelogdisplayallowsforthevisualizationofm

7、inorcomponents.NotethatthereareunusedpixelvaluesInthiscase,thelogdisplayindicatesthatvirtuallyallpixelvaluesareused,eventhoughtheyareasmallpercentageofthetotal.本例中，日志文本表明几乎所有像素值都已使用，即使所占总体比例很小。BrightnessAdjustment亮度调节Thebrightnessadjustmentessentiallyadd