[赞]r语言教学教案笔记资料-学习入门级2-知其然

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2、R编程笔记2一、简介1.突出特点：【多领域的统计资源】目前在R网站上约有2400个程序包，涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、空间分析、系统发育分析、生物信息学等诸多方面。【免费】2.缺点：【占用内存】所有的数据处理在内存中进行，不适于处理超大规模的数据。【运行速度稍慢】即时编译，约相当于C语言的1/20。3.CRAN：全称TheComprehensiveRArchiveNetwork。由世界几十个镜像网站组成网络，提供下载安装程序和相应软件包。各镜像更新频率一般为1-2天。推荐镜像：中国的镜像:数学所：http://ftp.ctex

3、.org/mirrors/CRAN/即时更新的CRAN源：http://cran.r-project.org/界面下如下（版本R2.11.1）4.R程序包（Rpackages）4.1什么是R程序包R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等,window下是zip形式，安装时不要解压缩。R程序包是R功能扩展，特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。例如：系统发育分析，常用到ape程序包，群落生态学vegan包等。4.2常用R程序包ade4利用欧几里得方法进行生态学数据分析adephylo系统

4、进化数据挖掘与比较方法ape系统发育与进化分析apTreeshape进化树分析bootBootstrap检验cluster聚类分析ecodist生态学数据相异性分析FD功能多样性分析geiger物种形成速率与进化分析Graphics绘图lattice栅格图maptools空间对象的读取和处理

5、mefa生态学和生物地理学多元数据处理mgcv广义加性模型相关mvpart多变量分解nlme线性及非线性混合效应模型ouch系统发育比较pgirmess生态学数据分析phangorn系统发育分析picante群落系统发育多样性分析raster栅格数据分析

6、与处理seqinrDNA序列分析sp空间数据处理spatstat空间点格局分析，模型拟合与检验splancs空间与时空点格局分析statsR统计学包SDMTools物种分布模型工具vegan植物与植物群落的排序，生物多样性计算CRANTaskViews中有对程序包的分类介绍1.2R程序包安装1．用函数install.packages()，如果已经连接到互联网，在括号中输入要安装的程序包名称，选择镜像后，程序将自动下载并安装程序包。例如：要安装picante包,在控制台中输入install.packages("picante")2．安装本地zi

7、p包路径：Packages>installpackagesfromlocalfiles选择本地磁盘上存储zip包的文件夹。1.3程序包导入及使用程序包的中函数，都要先导入，再使用导入：library(vegan)包中函数使用方法同R自带的函数使用方法一样。1.4查看帮助文件1>查询程序包内容：1菜单帮助>Html帮助2查看pdf帮助文档2>查询函数使用介绍：1?t.test2RGui>Help>Htmlhelp3apropos("t.test")4help("t.test")5help.search("t.test")6查看R包pdf手册

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9、>解读帮助文件：lm{stats}#函数名及所在包FittingLinearModels#标题Description#函数描述Usage#默认选项Arguments#参数Details#详情Author(s)#作者References#参考文献Examples#举例例：帮助>R函数帮助（文本）>弹出>点“确定”后弹出下面网页或录入

10、一、函数与对象1.R函数1.1函数形式R是一种解释性语言，输入后可直接给出结果。功能靠函数实现。函数名(输入数据，参数=…)例：平均值mean(x,trim=0,na.rm=FALSE,...)线性模型lm(y~x

11、,data=test)1.2函数种类低级VS高级（泛函）Help>Htmlhelp>packageslog()log10()exp()sin()cos()tan()asin()acos()binom.test()fisher.test()chisq.test()glm(y~x1+x2+x3,binomial)friedman.test()常用统计函数如下：返回值返回序号举例：箱线图绘制函数的调用boxplot(day~type,data=bac,col="red",xlab="Virus",ylab="days")day~type，以type

12、为横轴，day为纵轴绘制箱线图。（type,day都是向量对象（后面会介绍））data=bac数据来源bac（bac为数据框对象）col=“red”箱线图为红色xl