blast原理及过程

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1、序列比对SequenceAlignment杨秋红中国农业科学院硕191061025370@qq.comoutline简单介绍全局比对中的动态规划局部比对中的动态规划常用打分矩阵空位罚分Blast算法outline简单介绍全局比对中的动态规划局部比对中的动态规划常用打分矩阵空位罚分Blast算法介绍序列比较的根本任务是：发现序列之间的相似性辨别序列之间的差异目的：相似序列相似的结构，相似的功能判别序列之间的同源性推测序列之间的进化关系例一:s:SSENTIALSOFSEQUENCEANALYSIS

2、t:SSENTIALSOFSEQUENCEANALYSIS点阵图例二s:ESSENTIALSOFSEQUENCEANALYSISt:ESSENTIAL———————--ANALYSISoutline全局比对中的动态规划局部比对中的动态规划常用打分矩阵空位罚分Blast算法双序列比对全局比对LGPSSKQTGKGS-SRIWDN

3、

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9、LN-ITKSAGKGAIMRLGDA局部比对–––––––TGKG––––––––

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12、–––––––AGKG––––––––以碱基序列为例s:AGCACA

13、C–AAG–CACACAt:A–CACACTAorACACACT–Acost:2cost:4显然左边的比对效果好一点，它的代价小，出现这种变化的可能性大如何衡量：Weight（Score）match:w(a,a)=1mismatch:w(a,b)=-2fora≠bgap:w(a,-)=w(-,b)=-5分阶段求子最优解动态规划9131286342170-3-6-9-12-15-18-21-24-3-6-9-12-15-18-21GAATCTGCCAATTGACAATTGAGAATCTG

14、CMatch：8Mismatch：-5Gap：-3全局比对NeedlemanWunsch算法0-3-6-9-12-15-18-21-24-3-6-6-9-12-15-18-21GAATCTGCCAATTGACAATTGAGAATCTGCMatch：8Mismatch：-5Gap：-30-3-6-9-12-15-18-21-24-3-5-8-11-14-4-7-10-13-6-830-3-6-9-12-15-9-11011852-1-4-12-14-38191613107-15-11-6

15、51614242118-18-7-921311213229-21-101-1108182927GAATCTGCCAATTGACAATTGAGAATCTGCMatch：8Mismatch：-5Gap：-30-3-6-9-12-15-18-21-24-3-5-8-11-14-4-7-10-13-6-830-3-6-9-12-15-9-11011852-1-4-12-14-38191613107-15-11-651614242118-18-7-921311213229-21-101-1108

16、182927GAATCTGCCAATTGACAATTGAGAATCTGCMatch：8Mismatch：-5Gap：-30-3-6-9-12-15-18-21-24-3-5-8-11-14-4-7-10-13-6-830-3-6-9-12-15-9-11011852-1-4-12-14-38191613107-15-11-651614242118-18-7-921311213229-21-101-1108182927GAATCTGCCAATTGACAATTGAGAATCTG

17、CMatch：8Mismatch：-5Gap：-30-3-6-9-12-15-18-21-24-3-5-8-11-14-4-7-10-13-6-830-3-6-9-12-15-9-11011852-1-4-12-14-38191613107-15-11-651614242118-18-7-921311213229-21-101-1108182927GAATCTGCCAATTGACAAT-TGAGAATCTGC-5+8+8+8-3+8+8-5=27Match：8Mismatch：-5Ga

18、p：-3GlobalAlignmentvs.LocalAlignment全局比对局部比对（功能域，内含子）outline简单介绍全局比对中的动态规划局部比对中的动态规划常用打分矩阵空位罚分Blast算法局部比对（SmithWaterman）0localalignment000000000085200852053008531302000852110000853?000CGGATCATCTTAACTMatch:8Mismatch:-5Gapsymbol:-3localali