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1、ImageJ入门bytree_cmu2011-10-201ImageJ是什么？ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由NationalInstitutesofHealth开发的。可运行于MicrosoftWindows，MacOS，MacOSX，Linux，和SharpZaurusPDA等多种平台。其基于java的特点，使得它编写的程序能以applet等方式分发。ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片，支持TIFF,PNG,GIF,JPEG,BMP,DICOM,FITS等多种格式。ImageJ支持图像栈（stack）功能，即在一个窗口里以
2、多线程的形式层叠多个图像，并行处理。只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。除了基本的图像操作，比如缩放，旋转，扭曲，平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计，间距，角度计算，能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。[1]2ImageJ可以做什么？概括一下，主要分为以下几个方面：A)图像的区域和像素统计（大小）。长度，角度。阳性点密度和数量B)光密度或辉度，并制备密度直方图和线性图。C)两种蛋白共定位的程度（丁香园有篇专门介绍帖子http://morph.dxy.cn/bbs/thread/18145886?keywords=image%20J#18145886）D)卷
3、积，Sholl分析，傅里叶分析（这些还不会使用）E)更多功能3Image界面[2]界面分为：菜单栏，工具栏和状态栏。菜单栏菜单栏从左至右分别是：文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助。文件和officeword等软件类似，主要有文件打开，关闭，保存等功能，比较特殊的一个功能是恢复功能（revert），可以直接回到上次保存过的状态。由于编辑菜单里的取消功能（undo）只能回退一步，所以revert有时会很有帮助。编辑Undo,Cut,Copy,Copytosystem,Paste,PasteControl..,Clear,ClearOutside,Fill,Draw,Invert,Sel
4、ection,Options.图像Type（可改变图片格式，如彩色变灰度）,Adjust,Showinfo,Properties,Color,Stacks,Hyperstacks,Crop,Duplicate..,Rename,Scale,Transform,Zoom,Overlay,LookupTables.处理Smooth,Sharpen,FindEdges,FindMaxima,EnhanceContrast,Noise,Shadows,Binary,Math,FFT,Filters,Batch,Imagecalculator,SubtractBackgroud,RepeatComman
5、d.分析Measure,AnalyzeParticles,Summarize,Distibution,Label,ClearResults,Setmeasurements,SetScale,Calibrate,Histogram,PlotProfile,SurfacePlot,Gels,Tools.窗口和帮助（插件部分在入门篇里略）工具栏工具栏从左至右分别是4种区域选择工具，直线选择工具，角度工具，点工具，魔棒，文字，放大镜，拖手，颜色吸管，动作宏，菜单宏，绘图工具等（颜色吸管以后的内容可以变化，通过点击最右边的>>按钮选择需要的栏目。不同的按钮可以进行测量，画图，标记，填充等操作。双击左键或
6、单击右键可以扩展按钮的功能，如双击文字可以选择字体和大小等。4种区域选择工具分别是方形，椭圆形，多边形和任意形状。选择之后，这些区域可以进行改变，分析，拷贝等。工具栏下的状态栏可以显示坐标信息。直线工具：可以画直线、分段或任意形状的线（右键选择线的类型），双击该按钮可以改变直线的宽度。选择分析测量Analyse→Measure(orCtrl+M)可以记录线的长度，使用Edit→Draw(orCtrl+D)可以使直线永久保留。角度工具：点击角度按钮后可以画相交的直线可以测量形成的角度，在状态栏可显示，选择分析测量Analyse→Measure(orCtrl+M)，在结果窗口中显示角度。点工具：当
7、自动测量（Auto-Measure）开启（默认是开启状态）时，可以在状态栏显示图标所在位置的坐标和亮度，也可点击某点，选择分析测量Analyse→Measure(orCtrl+M)，可以在结果窗口显示上述指标。如果是RGB图，显示红色，绿色和蓝色的亮度（0-255），如果是灰度图片，根据选择图片格式8位（8bit）或16位（16bit），数值不同。8位最大值255，16位为65535（图片格式知识
