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1、1.采用blastp同源搜索比较（相似性）http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/2.蛋白质的基本性质预测（分子量、氨基酸组成、等电点PI、结构域）DNAman软件在线分析软件http://www.expasy.org/tools/protparam.html3.信号肽区域http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/4.跨膜蛋白，是否有跨膜片断http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.htmlhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AAT36316.1NC

2、BI上的蛋白质序列数据库信息有限，没有和蛋白质结构相关的信息最大的蛋白质序列数据库，综合其他的数据库http://pir.georgetown.edu/iProClass数据库是用于描述蛋白质家族之间的关系以及结构和功能特征的综合数据库uniPROT/Swiss-prot也是综合蛋白质数据库，适合一般查询PIRSF蛋白质结构家族数据库uniPROT/Swiss-prot数据库重点掌握http://www.uniprot.org/蛋白质模体数据库PROSITE、Pfamwww.expasy.org/酶的催化位点配体结合位点金属离子结合点二硫键小分子或者结合区域蛋白质结构数据库和结构分类数据库

3、PDBwww.rcsb.org/pdb/§国际上权威的核酸序列数据库（1）美国生物技术信息中心的GenBankhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/（2）欧洲分子生物学实验室的EMBLhttp://www.ebi.ac.uk（3）日本遗传研究所的DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/http://www.sciencedirect.comhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/Align（对给定序列进行比对分析,两两比较，最好使用fasta格式文件）lClustal(对给定序列进行多重比较比对分析,多序列比较)lFast

4、a（对给定序列与数据库序列进行比对分析）lBlast（对给定序列与数据库序列进行比对分析）三、Ebi的数据库中三种序列对比工具的使用lAlignhttp://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/align/lClustalhttp://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/lFastahttp://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta33/nucleotide.htmlNCBIEBI作用2个序列比对AlignAlign发现两个序列间的差异多个序列比对无Clustal发现多个序列间单个序列和数据库比对BLASTFASTA发现该序列的特征或

5、判断该序列所属生物或构建进化树序列污染：指一个被检索序列（如测序的序列）含有一个外源序列因而无法反映其来源物种的真实遗传信息序列污染的来源v1.载体（vecscreen）v2.接头和PCR引物v3.转座子和插入序列v4.样品纯度不高如何识别和去除载体序列和判断引物序列等，vecscreen十条PCR引物的设计原则总述v①引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。v②产物不能形成二级结构。（如何避免）v③引物长度一般在15~30碱基之间。（太长和太短？）v④G+C含量在40%~60%之间。v⑤碱基要随机分布。v⑥引物自身不能有连续4个碱基的互补。（引物二聚合体）v⑦引物之间不能有连续4个碱基

6、的互补。v⑧引物5’端可以修饰。v⑨引物3’端不可修饰。v⑩引物3’端要避开密码子的第3位。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/w①FASTA格式以大于号（>）表示一个新文件的开始书的p23面，例如比较简单，但总的信息量比较少，但可读性比较强，很多软件可以直接识别w②GBFF格式（GenBankflatfile,GenBank平面文件）w相对于FASTA格式而言，信息含量多，是一种最常见的格式wGBBFF的3个部分：w1、头部包含有整个记录的信息（描述符）w2、包含了注释这一纪录的特性特性表中的关键词3、核苷酸序列本身（2）EMBL的生物信息数据库http

7、://www.ebi.ac.uk/n常见生物网站：nhttp://www.bio-address.com/n生物通http://www.ebiotrade.comn生物谷http://www.bioon.com/n丁香园www.dxy.cn/bbsn小木虫www.emuch.net/n（1）百度文档搜索（http://file.baidu.com/）n（2）万方数据ilib（http://scholar.ilib.cn/