酵母转录因子结合位点保守性的生物信息学分析

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1、酵母转录因子结合位点保守性的生物信息学分析【】目的：本研究拟发掘出酵母基因组中转录因子结合位点的保守性位点和规律。方法：本研究采用生物信息学中保守性模体参数Mi分析基因上游不同区域与真核生物转录因子结合位点保守性之间的关系。结果：转录因子Sok2、Satlab7.0编写程序对所选取的每个转录因子所有结合位点实例片段进行不加入空位的比对，统计每个位点上四个碱基出现的频数。根据矩阵模型的原则，构建位置频率矩阵，再通过转换构建位置概率矩阵，最终构建位置权重矩阵。给定已知的N条转录因子结合位点，构建矩阵的目的就是要求所建的矩

2、阵能够很好地区分出真正的转录因子结合位点序列和非转录因子结合位点序列，因此需要对构建的矩阵模型中的矩阵元进行权重。将位置概率矩阵PPM进行变换，构建位置权重矩阵(position-specificatrix)P:　　1.3.2转录因子结合位点的保守性统计　　根据研究需要本研究改进了参量的数据，引入新的参量fib，以四种碱基在啤酒酵母基因中出现的实际频率作为P0b背景序列碱基出现的概率,对转录因子结合位点单个位点碱基保守性的参量进行修改，保守性的定义如下　　M=■■方程(1-1)中fib是N条转录因子结合位点序列中碱基

3、b在位置i中出现的实际频数，当某一位点碱基随机选取时，则每一种碱基b出现的频率应该为fib/N，碱基b的背景频率为P0b，fib/N-P0b是此位点某一碱基频率与随机选取这一碱基频率的差值。　　2结果　　2.1转录因子在基因上游不同区域位置权重矩阵结果分析四个转录因子在TSS上游不同区间的位置权重矩阵用一致性序列打分的结果分析：S值（权重矩阵打分结果）并没有随距离的增加有明显规律变化。转录因子Cbf1与Sechanismsineukaryotes[J].TrendsGe,1992,8:27-32.　　[2]ediat

4、orC.plexesandeukaryotictranscriptionregulation[J].Biochimie,2007,89(12):1439-1446　　简介：　　沈霞，女，（1979-），陕西西安人,博士，讲师，研究方向：生物信息学　　基金项目：国家自然科学基金（NO:81072731）　　图1转录因子Sok2结合位点保守性变化　　图2转录因子Swi4结合位点保守性变化