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时间:2018-09-25
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1、IBM服务器用户使用说明1.集群介绍整套集群由四部分组成:Power720管理登录节点+5台Power755计算节点(128进程/台)+10台IntelXeon系列计算节点(24进程/台)+DS5020存储系统。2.作业管理Power755计算节点是IA64结构,IntelXeon计算节点是X86_64结构。整套集群安装了两套作业管理软件:IBMLoadLeveler和PBS(Torque)。LoadLeveler用来管理Power755计算节点上的作业,Torque用来管理IntelXeon系列计算节点上的作业。2.1LoadLeveler在Power755这些节点上可以运
2、行的软件有:Gaussian,Gamess,molcas和molpro.2.1.1Gaussian版本Gaussian09,RevisionB.011.编写作业卡,文件名jobname.com(文件后缀一定为com)2.提交命令:$q09NPPjobname(NPP代表并行进程数,jobname为作业文件名,不需后缀)例如: $q0916au2(它将为作业au2.com分配16个并行进程,作业结束后生成结果文件au2.out)3.如不记得输入参数,可提交命令$q09,它会出现Usage:q09NPPjobname!4.由于计算结点上最大为128进程,并且Gaussian并行效
3、率不高,因此希望在试运行期间提交作业NPP设为8,16,32,64为好。5.Gaussian的临时区设在/gpfs/scratch中,该区文件随时可能清空。2.1.2Gamess版本GAMESSVERSION=1OCT2010(R3)1.编写作业卡,文件名jobname.inp(文件后缀一定为inp)2.提交命令:$qgmsNPPjobname(NPP代表并行进程数,jobname为作业文件名,不需后缀)例如: $qgms16au2(它将为作业au2.inp分配16个并行进程,作业结束后生成结果文件au2.log)3.如不记得输入参数,可提交命令$qgms,它会出现Usage
4、:qgmsNPPjobname!4.由于计算结点上最大为128进程,因此希望在试运行期间提交作业NPP设为8,16为好。5.Gamess的临时区设在/gpfs/scratch中,该区文件随时可能清空。2.1.3Molpro版本MolproVersion2010.1linked17Jun201112:31:421.编写作业卡,文件名jobname(可不用后缀)2.提交命令:$qmolprojobname(jobname为作业文件名)例如: $qgmsau2(它将为作业au2分配进程,作业结束后生成结果文件au2.out)3.如不记得输入参数,可提交命令$qmolpro,它会出现
5、Usage:qmolprojobname!4.由于AIX编译问题,目前只能运行单进程作业。2.1.4Molcas版本MolcasVersionversion7.4patchlevel0451.编写作业卡,文件名jobname.input(可不用后缀)2.提交命令:$qmolcasNPPjobname(NPP代表并行进程数,jobname为作业文件名,不需后缀)3.如不记得输入参数,可提交命令$qmolcas,它会出现Usage:qmolcasNPPjobname!4.由于计算结点上最大为128进程,因此希望在试运行期间提交作业NPP设为8,16为好。2.1.5其它程序作业投交
6、方式以上程序简单命令方式都是通过编写合适脚本由llsubmit提交,其它程序可参见以上脚本写出,具体可见路径 /home/apps/bin2.1.6监控作业和结点状态及取消作业命令通过llstatus命令可以查看服务器节点使用情况,类似于我们经常使用的shownodes和pbsnodes,示例如下:查看运行作业要使用llq命令:例如: llq–uuser可以看到用户user作业情况如果要取消某个作业,要使用llcancel命令,类似于我们使用过的qdel命令。例如: llcancel2092(将2092号进程取消)试用期队列规则如下: 1. 使用队列: normal: 时间限
7、制7天;默认队列;如有大作业需求可提出申请在其它队列使用 2. 作业数限制: 每用户最多同时运行 8个作业, 8个排队作业。 每用户的作业数(运行的+排队的)最多为16个。超过的作业将进入 NQ (Not Queued)状态,即处于非排队状态。 3. 作业类型限制: 不通过作业调度系统提交的作业将被杀掉。 脚本文件不正常的作业将被杀掉。4.队列规则会根据用户意见和实际使用情况做相应调整2.2Torque在10台IntelXeon系
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