znf生物化学与分子生物学

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1、ZNF92的生物信息学分析2006级本硕4班王仕佳指导老师：吴炳礼，许丽艳，李恩民所谓的C2H2型锌指蛋白，是一种经典的锌指结构。它由1个α-螺旋和2个反平衡的β-折叠三个肽段组成，其N端有一组半胱氨酸残基，C端有一组组氨酸残基，四个残基在空间上形成一个洞穴，恰好容纳一个Zn2＋，形似手指。锌离子能够稳固模体中的α-螺旋结构，使其能够镶嵌于DNA的大沟上。ZNF92属于KruepelC2H2型锌指蛋白家族，含有16个锌指结构并含有一个KRAB区域。一锌指蛋白家族通过结合核酸方面起到很多主要作用，其中一个最重要的作用就是调节转录。Bell

2、efroidetal在1991年从互补ＤＮＡ文库中筛选出带有编码序列ＺＮＦ８５氨基末端非指端区域（里面有ＫＲＡＢ区域）的人类未分化胚胎瘤中分离出含有ZNF92锌指蛋白编码基因片段的一类编码基因区。Bellefroidetal命名为ZNF91家族，其中包括ZNF92。这类蛋白含有在氨基末端KRAB区域和第一个指单位之间的保守连接区域，称为ZNF91间隔区。同时他还发现ZNF91家族在人体组织中存在高表达，特别是在T淋巴细胞中。通过体细胞杂交分析以及荧光素原位杂交，Bellefroidetal测定了ZNF92基因位于19p13.1-p12内

3、。但是该基因与疾病的关系未知。二从http://www.ebi.ac.uk/Tools/InterProScan我们进行蛋白功能域的分析和预测得出KRAB区域被发现涉及蛋白与蛋白之间的反应，并且拥有KRAB的蛋白质被认为在细胞增殖、分化、死亡和致瘤性转化中起到很重要的作用。C2H2锌指结构含有GAG（=CTC）重复序列，在特异性β1糖蛋白中可与Wilms瘤抑癌基因启动子紧密结合。三从http://scansite.mit.edu/calc_mw_pi.html我们输入蛋白序列便得到了目的蛋白基因的分子质量和等电点。#Phosphates

4、MolecularWeightIsoelectricPoint068568.85099.40168646.81499.37268724.77899.33368802.74299.30468880.70699.26568958.67099.22669036.63499.18769114.59899.14869192.56299.10从表上我们可以看到，每增加一个磷酸化，分子量增加78~122，而等电点却会下降近乎0.3~0.4。四从http://cubic.bioc.columbia.edu/predictNLS/我们进行核定位信号区的预

5、测和分析，结果表明蛋白基因不包含核定位信号区。五从http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/进行信号肽切割位点序列的预测我们得到从图中我们可以预测出此蛋白不是个促分泌的蛋白。六从http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/进行O型糖基化修饰分析NameS/TPosG-scoreI-scoreY/NComment----------------------------------------------------------------------------ZNF

6、92T50.3080.048.-ZNF92S140.0950.031.-ZNF92T230.1000.045.-ZNF92S480.0890.195.-ZNF92T540.1550.062.-ZNF92T740.2060.028.-ZNF92S790.1320.060.-ZNF92S900.1290.025.-ZNF92S940.1230.018.-ZNF92T1020.1290.052.-ZNF92S1190.0770.039.-ZNF92T1380.1300.056.-ZNF92T1390.1290.056.-ZNF92T1400.

7、1360.044.-ZNF92S1420.0760.029.-ZNF92T1680.1610.055.-ZNF92S1810.1030.043.-ZNF92S1860.0930.050.-ZNF92T1890.1200.043.-ZNF92T1960.1440.055.-ZNF92S2000.1210.056.-ZNF92S2130.1310.035.-ZNF92S2140.1290.026.-ZNF92T2150.1860.019.-ZNF92T2170.1780.050.-ZNF92T2240.1940.053.-ZNF92S241

8、0.1280.032.-ZNF92S2420.1240.027.-ZNF92T2450.1670.043.-ZNF92T2520.1820.053.-ZNF92S2690.1550.028.-ZNF92S2