多穗柯转录组分析及黄酮类化合物合成相关基因的挖掘

《多穗柯转录组分析及黄酮类化合物合成相关基因的挖掘》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、多穗柯转录组分析及黄酮类化合物合成相关基因的挖掘关键字：多穗柯,转录,转录组,组分,分析,黄酮,黄酮类,黄酮类化合物,酮类,类化,化合,化合物,合成,成相,相关,关基,基因,挖掘多穗柯转录组分析及黄酮类化合物合成相关基因的挖掘本文为Word文档，感谢你的关注！　　[摘要]多穗柯具有甜味和保健功效，其中黄酮类化物是主要活性物质。为获取多穗柯转录组数据库以及黄酮类化合物生物合成相关基因，该研究用RNA-Seq中的IlluminaHiSeq4000对多穗柯嫩叶进行转录组测序，共获得6Gb数据，拼接后得到41043条Unigen

2、e，与7个基因数据库进行比对，可归类于51个GO分类中，涉及到237个KEGG标准代谢通路。找到黄酮合成相关基因28条。通过MicroSatallite（MISA）软件分析筛选到18161个SSR，其中单碱基重复最丰富，有7346个。此研究得到大量转录本信息，为多穗柯的分子生物学研究提供了宝贵的转录组数据库资源。　　[关键词]多穗柯；转录组；高通量测序；黄酮类化合物　　[Abstract]ThesweettasteandhealtheffectofLithocarpuspolystachyusaremainlyrelat

3、edflavonoid.ToobtainLithocarpustranscriptomedatabaseandflavonoidbiosynthesis-relatedgenes，theRNA-Seqtechology（IlluminaHiSeq4000）wasusedtosequenceitstranscriptome.SixGbdatabasewasassembledafterassemblysteps，and41043ofL.polystachyusunigeneswereobtained.Withblasting

4、themwith7databanks，allunigeneswereinvolvedin51GO-termsand237metabolicpathways.Andfurthermore28genesoftheflavonoidbiosynthesis-relatedwerefound.AfterusingtheMicroSatallite，18161SSRwereobtained，thesingle-nucleotide-repeatedwastherichestat7346.Thesedatarepresentabun

5、dantmessagesabouttranscriptsandprovidevaluablegenomedatasourcesinmolecularbiologyofL.polystachyus.　　[Keywords]Lithocarpuspolystachyus；transcriptome；high-throughputsequencing；flavonoids　　多穗柯LithocarpuspolystachyrusRehd，别名甜茶，是壳斗科石柯属常绿乔木[1]。因其具有强烈的甜味和保健功能而被广泛关注，其中二氢

6、查耳酮类化合物根皮苷和三叶苷是其主要活性物质，具有降血糖、保肝、抗氧化、抗肿瘤等生物活性[2]。三叶苷的含量在多穗柯二氢查二酮苷类中最高，占95%，且根皮苷和三叶苷互为异构体。目前，仅有根皮苷受到较高关注，它的合成途径[3]、作用[4]等都已有相关报道，但是关于多穗柯中根皮苷和三叶苷的合成、代谢以及它们相互转化的途径尚不够明确。因此，利用转录组测序技术，对多穗柯转录组进行分析，找出黄酮类化合物合成相关基因，为后续对根皮苷和三叶苷的研究提供资源。　　转录组是指特定生物体在某种状态下所有基因转录产物的总和，转录组研究属于功能

7、基因组学研究的范畴，是连接基因组与蛋白质组的纽带[5]。它能反映生物个体在特定器官、组织或某一特定发育、生理阶段细胞中所有基因表达水平的数据。可用来比较不同组织或生理状况下基因表达水平差异，发现与特定生理功能相关的基因，推测未知基因[6]。因此，采用转录组测序技术，对多穗柯转录组进行测序分析，建立起转录组数据库，为多穗柯中黄酮类化合物二氢查耳酮类的根皮苷和三叶苷生物合成研究打下基础。　　1材料与方法　　1.1cDNA制备　　以多穗柯嫩叶为本研究原材料提取植物总RNA，再逆转录为cDNA，用于构建转录组数据库。植物总RNA

8、提取试剂盒和逆转录试剂盒购自天根生化科技（北京）有限公司。　　1.2转录组数据的组装与分析　　1.2.1组装采用IlluminaHiSeq4000测序技术平台的PE150技术进行测序，将得到的RawData进行过滤处理，获得高质量的CleanReads，使用trinity软件进行组装，得到Unigene。　　1.2.