oligo 7 使用教程 个人总结

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1、Oligo7使用教程本人根据自己的使用情况进行了一下总结，由于该软件是新近使用，故有什么不对的地方还望各位专家谅解并进行补充，只希望能对大家有一点帮助。另附Oligo7软件的下载地址：http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=4770823首先，同Oligo6一样，File菜单下，选择Newsequence,打开窗口将目的序列粘贴进来，或是选择Open定位到目的cDNA序列（在primer中，该序列已经被保存为Seq文件），这是最初打开时的界面：然后就是进行引物的设计了。Search菜单下，选择forp

2、rimes&probes,即出现引物搜寻窗口:根据自己的实际情况选择Parameters或Ranges设置引物的相关参数和范围。然后选择Search即开始进行引物的搜索，之后会出现软件所列出的依据得分（Score）高低排列设计的引物。双击每一行所列出的引物会弹出该对引物的具体信息，以及软件对该对引物的相关评价。双击之后在最初的Sequence窗口中就会出现下面的窗口:点击绿色方形图标前面的i标志可了解对应的具体信息。之后便是对该引物的具体分析了，这部分的分析同Oligo6基本上是一样的。选择Analyze菜单，如下图：（1）Analyze中

3、，第一项为Keyinfo，点击Selectedprimers，会给出两条引物的概括性信息，其中包括引物的Tm值，此值Oligo是采用nearestneighbormethod计算，会比Primer5中引物的Tm值略高，此窗口中还给出引物的DeltaG和3’端的DeltaG.3’端的DeltaG过高，会在错配位点形成双链结构并引起DNA聚合反应，因此此项绝对值应该小一些，最好不要超过9。（2）Analyze中第二项为DuplexFormation，即二聚体形成分析，可以选择上游引物或下游引物，分析上游引物间二聚体形成情况和下游引物间的二聚体情

4、况，还可以选择Upper/Lower，即上下游引物之间的二聚体形成情况。引物二聚体是影响PCR反应异常的重要因素，因此应该避免设计的引物存在二聚体，至少也要使设计的引物形成的二聚体是不稳定的，即其DeltaG值应该偏低，一般不要使其超过4.5kcal/mol，结合碱基对不要超过3个。Oligo此项的分析窗口中分别给出了3’端和整个引物的二聚体图示和DeltaG值。（3）Analyze中第三项为HairpinFormation，即发夹结构分析。可以选择上游或者下游引物，同样，DeltaG值不要超过4.5kcal/mol，碱基对不要超过3个。（

5、4）Analyze中第四项为CompositionandTm，会给出上游引物、下游引物和产物的各个碱基的组成比例和Tm值。上下游引物的GC％需要控制在40％～60％，而且上下游引物之间的GC％不要相差太大。Tm值共有3个，分别采用三种方法计算出来，包括nearestneighbormethod、％GCmethod和2(A＋T)＋4(G＋C)method，最后一种应该是Primer5所采用的方法，Tm值可以控制在50～70度之间。（5）第五项为FalsePrimingSites，即错误引发位点，在Primer5中虽然也有Falseprimin

6、g分析，但不如oligo详细，并且oligo会给我正确引发效率和错误引发效率，一般的原则要使误引发效率在100以下，当然有时候正确位点的引发效率很高的话，比如达到400～500，错误引发效率超过100幅度若不大的话，也可以接受。（6）Analyze中，有参考价值的最后一项是“PCR”，在此窗口中，是基于此对引物的PCR反应Summary，并且给出了此反应的最佳退火温度，另外，提供了对于此对引物的简短评价。若该引物有不利于PCR反应的二级结构存在，并且DeltaG值偏大的话，Oligo在最后的评价中会注明，若没有注明此项，表明二级结构能值较小

7、，基本可以接受。(7)另外，Internalstability也很重要，最好是中间高两边低的弧形。以上是我个人进行的总结，其它的一些功能大家只要自己去摸索一下也很简单的，有不对的地方望大家指出。QQ：2258964783许问天