shelxtl　5　结构分析软件包

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1、Shelxtl5结构分析软件包?  软件简介?  软件结构?  数据校正——SADABS?  数据处理——XPREP?  结构解释——XS?  结构图形——XP?  结构修正——XL?  结构报告——XCIF?  其它程序一、软件简介SHELXTL系列结构分析软件包是由德国Goeltingen大学Sheldrick教授等编写的，主要版本有：Shelx86,Shelx93,Shelx97及SHELXTL5.*，其中Shelx86版提供了整套软件，包括XP。但自从SIEMENS(BRUKER)公司购买了

2、该套软件并命名为SHELXTL之后，就不再免费提供XP及XPREP。本所在购买SMARTCCD时同时购买了MSDOS及UNIX版SHELXTL5.0.3程序包，其中MSDOS版程序带有加密软件狗，目前本所运行的主要是这一版本的程序，但该程序采用386-DOS保护模式，只能运行于MSDOS系统，不能运行于WINDOWS操作界面，在WINDOWS操作系统下必须切换到DOS方式才能运行。本实验室另外得到了SHELXTL5.1NT版程序，该套软件运行于NT系统下，也可在WINDOWS95/98系统下运行(运

3、行时XP有些问题)，但这套程序我们未购买版权。它与SHELXTL5.0.3的运行界面几乎相同。本实验室目前有两台INDY工作站运行SHELXTL5.0.3。二、软件结构SHELXTL软件包包含五个主要程序：XPREP，XS，XP，XL，XCIF。它们使用的文件为“name.ext”，其中“name”是一个描述结构的自己定义的字符串，不同的“ext”则代表着不同的文件类型。在SHELXTL结构分析过程中，主要涉及到三个数据文件：name.hkl；name.ins；name.res，其中INS和RES文

4、件具有相似的数据格式，区别只是INS是指令(instruction)文件，它主要是充当XS及XL的输入文件，而RES是结果(result)文件，主要保存XS及XL的结果，RES中包含有直接法XS或最小二乘法XL产生的差Fourier峰。HKL文件是ASCII型的衍射点数据文件，包含H，K，L，I和σ(I)，其格式： 0 0 1 36.57 1.31 1 0 0 487057.132178.69 1…… h k l  I σ(I)HKL文件的格式决定了它不能进行除了DIFABS型校正之外任何校正。SH

5、ELXTL运行图INS和RES文件中主要包含单胞参数，分子式(原子类型)，原子位置坐标及XL指令等，它们是由一些指令定义的ASCII文件。本实验室为用户提供了下列数据文件：①*1.raw,*2.raw…  CCD最原始文件，为校正而保留②*._ls  记录数据处理文件，包含数据完成度及最后精修单胞参数所用的衍射点③*.abs  校正结果文件，主要包含Tmin，Tmax④*.hkl  经SADABS校正后的衍射点文件⑤*.p4p  矩阵文件，包含单胞参数这些数据文件存储于工作站相应的户头及目录上，本实

6、验室为结构片的各个组都提供了一个户头，它的地址为局域网地址：192.168.0.52可以在当地微机(WINDOWS)上通过设置双地址的方式来产生192.168.0.*地址从而访问这一工作站。三、数据校正——SADABSSMARTCCD由于设备的特殊性使得它不具有四圆一样的PSI校正(由于晶体外观的不对称性)，但由于在CCD所收集的数据中有很多对的等效点，因而也可拟合出一条经验校正曲线。SADABS就是Sheldrick特别为CCD数据编写的校正程序。由于SADABS使用等效点，因而要求输入正确的La

7、ue群，只有正确的Laue群才能保证校正的正确性。SADABS还提供了与θ有关的校正——所谓的球形校正，它的原理就是在不同的θ角衍射时，X射线通过的光程不同，因而吸收也不同，该校正要求μR值，其中R为晶体几何尺寸中最小的边长，而晶体的吸收因子μ是由化合物的分子式决定的，因而只有在结构完全解释出来之后才能进行这个校正，而这种校正目前有些刊物是要求提供的。也正因为如此，要求保留最原始的数据文件*.RAW。四、数据处理——XPREPXPREP主要完成数据处理工作，它要求存在RAW或HKL文件，它的使用命令

8、是：Xprepname它是一个交互式菜单驱动程序并提供了一个缺省运行过程：1.从name.hkl文件(若存在)或name.raw文件中读入衍射点；2.从name.p4p或键盘获得单胞参数及误差；3.判断晶格类型：XPREP首先对衍射点数据进行统计： 3910Reflectionsreadfromfileylid.hkl;mean(I/sigma)= 27.80Latticeexceptions:  P  A  B  C  I  F  Obv  Rev  AllN(to