将实验带入信息时代——详解2013诺贝尔化学奖

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1、2013-10-1003:46:26上传下载附件(30.89KB)如今化学家在计算机上所进行的实验几乎与在实验室里做的一样多。从计算机上获得的理论结果被现实中的实验证实，之后又产生了新的线索，引导我们去探索原子世界工作的原理。在这一角度，理论和实践呈现出相辅相成、互相促进的关系。2013-10-1003:46:26上传下载附件(19.75KB)牛顿和薛定谔的猫。在此之前，经典物理学与量子力学分属于互相对立的世界，而2013年诺贝尔化学奖在这两个世界之间打开了一扇门，并带来了活跃的合作前景。新浪科技讯北京时间10月9日消息，2013诺贝尔奖化学奖得主为：马丁·卡普拉

2、斯(MartinKarplus)，迈克尔·莱维特(MichaelLevitt)和亚利耶·瓦谢尔(AriehWarshel)，以奖励他们在“发展复杂化学体系多尺度模型”方面所做的贡献。化学反应极为迅速，在数百万分一秒间，电子已经完成从一个原子核向另一个原子核的迁移。经典化学已经难以跟上这样的步伐，要想借助实验方法去描绘化学过程中的每一个小步骤几乎已经是不可能的任务。今年的诺贝尔化学奖成果简单来说便是综合了两个不同领域方法的精华，设计出了基于经典物理与量子物理学两大领域的方法。将实验带入信息时代化学反应极为迅速，电子在原子核间迅速迁移，让科学家们眼花缭乱。2013年度

3、诺贝尔化学奖的获得者们所做的工作，让化学家们得以借助计算机的帮助揭示化学的神秘世界。这一进展所带来的对详细化学过程的了解将帮助我们改善催化剂，药物甚至太阳能电池板方面的工艺。现在，全世界的化学家们每天都在计算机上设计并进行实验。这样的场景之所以可能，正是得益于三名科学家：MartinKarplus,MichaelLevitt和AriehWarshel在上世纪70年代开始所做的工作。他们仔细审视复杂化学过程中的每一个小步骤，而这些细节通常是肉眼难以察觉的。一张图像胜过千言万语，但并非全部为了便于普通读者理解这项成就的意义，我们在这里举例说明。假设现在你接到一项实验任

4、务：创造人工光合作用。这种发生在植物绿叶之中的神奇化学反应让我们的大气中充满氧气，而这是地球上的生命体赖以生存的基础。然而这对于环境保护的角度来看同样具有重要意义——如果你能模拟光合作用机制，那么我们就将能制造出更加高效的太阳能电池板。当水分子被分解就会产生氧气，同时也会产生出可以被用做能源的氢气。因此开展这方面的工作具有巨大的吸引力和价值。如果你能成功，你将能帮助世界对抗温室效应。首先，你可能需要上网查找与光合作用有关的蛋白质的三维精细结构，这在一些大型数据库中便可以免费获得。在你的电脑上，你可以自由地从各个角度进行查看。这些巨大的蛋白质分子可能包含数以十万计的

5、原子。在其中存在一个很小的区域，称作反应中心。正是在这里水分子被分解。然而实际上仅有少部分的原子实际参与到了这项过程中。比如说，你看到4个锰离子，一个钙离子和数个氧原子。在你面前，你很清楚的看到这些原子和离子的相对位置，但你却无从知晓它们各自在反应中的作用。而这正是你需要搞清楚的地方。这一过程的细节利用传统的化学方法几乎是不可能予以完整呈现的，在一瞬间可以发生许多事，而这一事实便已经让传统的试管研究方法成为不可能。光凭电脑屏幕上显示的图像，你也很难去猜测其中具体的反应过程，因为这些图像是在蛋白质处于静止状态时绘制的。而当阳光照射到绿叶上，这些蛋白质就会充斥能量，其

6、整个原子结构都会发生改变。为了理解这一过程，你需要了解被注入能量之后蛋白质的样子。而实现这一点这就需要仰赖本年度诺贝尔化学奖得主科学家们所奠基的一种计算机程序。理论与实践的相互促进借助软件帮助，你可以模拟一个化学过程中各种可能的反应路径，这就是模拟或模型。这样做将让你得以了解在反应不同阶段不同原子所起的作用。随后，当你找到了那些似乎可行的反应路径之后，你就可以开展实验来验证这种计算机给出的反应路径是否确实是正确的，从而反过来修正模型，提升其进行模拟时的精确度。如此相互促进，让现在化学家们在试管和计算机前所花费的时间已经几乎相同。那么，此次被授予诺贝尔化学奖的这种计

7、算机程序又究竟有着何种独到之处呢？牛顿的苹果和薛定谔的猫在此之前，当科学家们需要在电脑上模拟分子，他们所拥有的软件要么是基于经典物理的，要么则是基于量子物理学的。这两种方法各自有着优缺点。经典物理的强大之处在于其计算过程相对简单，并且可以拥有模拟非常大型的分子结构，并向化学家们展示一个大型分子的精细结构。但是它也拥有明显的劣势，那就是它无法模拟化学反应过程，因为在反应过程中，分子是充满能量而处于激活态的。经典物理学方法无法理解这种状态，这也是它最严重的缺陷。因此为了表现这一部分，化学家们不得不求助于量子物理学。在这一理论中，电子具有两态度=性，它既可以是粒子，也可

8、以同时是波