塔里木盆地放线菌数据库硕士论文

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1、塔里木盆地放线菌网络数据库的建立生物化学与分子生物学，2011，硕士【摘要】放线菌是寻找和发现天然生物活性物质、具开发潜力的一类有独特价值的微生物资源。本项目主要以前期研究获得的塔里木盆地放线菌菌种资源信息为研究对象,按照《微生物菌种资源描述规范汇编》中对放线菌菌种资源描述的规范进行基本信息、特征特性信息和图像信息的收集和实物整理,采用网络技术和数据库技术,构建了基于Web的塔里木盆地放线菌网络数据库。本研究主要内容包括:以Linux为操作系统、Apache为Web服务并配置支持PHP、CGI等

2、脚本、以MySQL提供数据库服务的B/S构架,构建网络数据库的操作系统和服务平台环境;根据放线菌的信息特点设计数据库的表单及结构,结合PHP脚本语言实现菌种信息检索,包括菌种编号、保藏号、菌种名等相关信息的查询,同步实现数据资源网络化和信息、实物的共享。另外根据微生物资源研究的特点,集成了基于BLAST的序列比对,基于Primer3的引物设计、基于Refbase的文献检索等功能。设计并实现了塔里木盆地放线菌网络数据库平台,不仅能够服务于本实验室放线菌资源的保藏、研究,还能满足序列分析、引物设计等

3、常规功能,具有一定的实用价值。本课题的完成,不仅为实验室放线菌资源的开发提... 更多还原【Abstract】Actinomycetesaresortofuniquebiologicalresourceswhichcanbeusedtofindoutnaturalbiologicalactivesubstanceandhashighdevelopmentpotential.ThisprojectmainlymakesuseofActinomycetesstrainsinformationthat

4、arealreadyobtainedinearlierresearch,andfollowthedescriptionstandardofActinobacteriastrainsresourcebasicinformationwrittenin“Descriptionstandardcompiledofmicroorganismstrainsresource”tocollectandsortingcorrespondinginformation.Usenetworktech... 更多还原【关

5、键词】塔里木盆地；放线菌；数据库；【Keywords】Tarimbasin；Actinomycetes；database；摘要4-5Abstract5第一章前言9-231.1生物数据库的出现和发展9-131.1.1生物学的发展和人类基因组计划91.1.2生物信息学的出现和发展9-101.1.3生物数据库的发展10-111.1.4生物数据库的主要类型11-121.1.5生物数据库的特点和应用12-131.2数据库技术和Web数据库13-161.2.1数据库的发展历程和架构13-141.2.2数据库

6、的发展趋势和网络数据库14-161.3数据库技术在生物方面的应用16-171.3.1数据库的集成161.3.2数据库脚本索引16-171.4微生物菌种资源保藏的现状17-201.4.1国外的研究现状17-191.4.2国内的研究现状19-201.5论文的设计思路20-231.5.1研究意义20-211.5.2设计思路21-221.5.3主要研究方案221.5.4技术路线22-23第二章放线菌网络数据库的需求分析与环境构建23-342.1放线菌网络数据库的需求分析232.2放线菌网络数据库的体系结

7、构23-252.2.1整体结构关系的确立23-242.2.2采用B/S架构模式24-252.3放线菌网络数据库的功能设计25-262.3.1放线菌数据库的检索和管理252.3.2放线菌数据库的功能扩展25-262.4放线菌数据库运行环境的构建26-322.4.1系统硬件配置262.4.2操作系统环境的构建26-272.4.3网络服务环境的构建27-302.4.3.1ApacheWeb服务的配置28-292.4.3.2PHP和CGI支持29-302.4.3.3MySQL和phpMyAdmin的配置

8、302.4.4系统维护和安全的构建30-322.4.4.1Telnet的配置30-312.4.4.2Webmin的配置31-322.4.4.3防火墙Ufw的配置322.5小结32-34第三章放线菌网络数据库的构建及其功能的实现34-423.1放线菌数据库结构34-353.2放线菌数据库的构建35-373.2.1放线菌数据收集的指标35-363.2.2放线菌数据库表单的定义36-373.2.3放线菌数据库的创建373.3数据库的连接和查询语句37-413.3.1数据库的连接37-383.3.2SQ