于基生物信息学数据库的基因序列比对算法的设计与实现--大学毕设论文.doc

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1、编号：毕业设计说明书题目：基于生物信息学数据库的基因序列比对算法的设计与实现院（系）：应用科技学院专业：计算机科学与技术学生姓名：易聪聪学号：0401110231指导教师单位：桂林电子科技大学姓名：王文翰职称：讲师题目类型：¨理论研究¨实验研究þ工程设计¨工程技术研究¨软件开发2008年6月5日桂林电子科技大学毕业设计（论文）报告用纸摘要序列比对是生物信息学中的一个基本问题,通过序列比较可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息,序列比较的基本操作是比对。随着生物序列数据库中序列数据的激增，开发兼有高度生物敏感性和高效率的算法就显得非常迫切。本文研究了生物信息学中的双

2、序列和基于生物序列数据库的序列比对算法。通过C#语言结合面向对象与动态规划思想设计实现了一个包含Needleman-Wunsch、Smith-Waterman和BLAST算法的基于Windows操作系统的中文序列比对系统。其功能主要有序列查看，序列比对算法选择、参数选择，比对结果输出等。可分别适用与双序列间的全局比对、局部比对以及基于生物序列数据库的序列搜索。虽然系统实现的初期有一些不完善的功能。经过测试和修整，系统已经可以长时间稳定运行。用户通过使用该系统从数据库中搜索可以轻松获取基因序列功能、结构信息。从而可以进一步判断序列是否同源。该系统的投入使用，可以在一定程

3、度上提高生物工作者的工作效率，从而使得人力物力得到有效利用。加之本系统操作简洁明了，可以让更多对生物信息学学有兴趣的人能够加入到研究序列比对的队伍中来。关键词：生物信息学；数据库；序列比对桂林电子科技大学毕业设计（论文）报告用纸AbstractSequencealignmentisabasicfieldinBioinformatics.Wemaydiscoverfunctional,structuralandevolutionaryinformationinbiologicalsequencesbysequencecomparing.Becausesequenceda

4、taincreaserapidlyinbiologysequencedatabase,itisveryexigenttodevelopalgorithmsthathavehighbiologysensitivityandefficiency.PairwiseandsequencealignmentalgorithmsbaseinbiologysequencedatabaseofBioinformaicsarestudiedinthisPaper.AndaChinesesequencealignmentsoftwaresystemwhichwasbasedinWindo

5、wsoperatingsystemandincludedNeedleman-Wunsch,Smith-WatermanandBLASTalgorithmswasprogrammedinC#programmelanguagewithusingthethoughtoftheobject-orientedandDynamicprogramming.ItsMainfunctionalareshowthesequence,choosethealgorithms,preferences,Outputandsoon.ThesystemshouldbeusedintheGlobals

6、equencealignmentandthelocalsequencealignmentinPairwisesequenceortofindoutsequenceinbiologysequencedatabaseofBioinformaics.Althoughthesystemrealizestheinitialperiodhassomeimperfectfunction.Afterthetestandtheconditioning,thesystemalreadymightbesteadyoperationforalongtime.Userscouldeasilyg

7、etfunctionalandstructuralinformationinbiologicalsequencesbyusingthissystemtosearchinthedatabase.ThentheycanFurtherjudgementwhethertheTwospeciesareHomology.Theinvestmentofusingthesystemwillhaveacertainextentimprovethebiologistservicepotency,andthensavealotofmanpowerandresources.