基因芯片数据荟萃—胶质瘤预后分析

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1、哈尔滨医科大学本科毕业论文单位代码：10226学号：2009156007本科毕业论文题目基因芯片数据荟萃—胶质瘤预后分析所在学院生物信息科学与技术学院专业生物技术学生姓名秦远指导教师张绍军二○一四年六月哈尔滨医科大学本科毕业论文哈尔滨医科大学本科毕业论文声明本人郑重声明：所呈交的毕业论文，是本人在指导教师的指导下进行研究工作所取得的成果，实验数据与结果真实可靠。除文中已经注明引用的内容外，本文不含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果。对本文研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本声明的法律结果由本人承担。论文作者签名：日期：年月日哈尔滨医科大学

2、本科毕业论文版权使用授权说明本人完全了解学校关于收集、保存和使用本科毕业论文的规定，即：1、按照学校要求提交本科毕业论文的印刷本和电子版本；2、学校有权保存本科毕业论文论文的印刷本和电子版，可以将本论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，并提供目录检索、借阅及查阅服务；3、学校可以采用影印、缩印、数字化或其它复制手段保存论文；4、本科毕业论文研究成果的责任作者或通讯作者为本人的指导教师，作者署名单位为哈尔滨医科大学；5、保密的论文在解密后遵守此规定。论文作者签名：指导教师签名：日期：年月哈尔滨医科大学本科毕业论文目录中文摘要1Abstract21、文献综述41.1胶

3、质瘤41.2相关数据库简介41.2.1GEO数据库41.2.2KEGG数据库51.3临床预后简介51.3.1生存分析简介61.4目前国内外研究现状61.5课题研究目的及意义62、材料与方法82.1实验数据82.1.1获得胶质瘤芯片表达数据82.1.2胶质瘤通路数据82.2实验方法82.2.1技术路线82.2.2数据预处理92.2.3多平台基因芯片数据整合92.2.4鉴定风险通路102.2.5生存分析103、结果123.1胶质瘤基因芯片整合数据123.2胶质瘤的KEGG通路图123.3meta分析143.4生存分析144、讨论175、结论186、致谢197、参考文献20哈

4、尔滨医科大学本科毕业论文中文摘要大量的基因组数据特别是微阵列数据都可以通过各种网络资源获得，例如从theGeneExpressionOmnibus(GEO)中获得。现存的这些基因表达数据库的数据库接口，表达数据存储方式和临床meta数据注释等方面在格式上都存在不相容的问题，而且从不同的数据库得到的数据的注释也会有不一致的情况。这些缺陷导致寻找疾病预后基因时存在很大的困难。原发性脑肿瘤中预后效果最差的就是脑胶质瘤,其预后与生物学特征、生长发生部位、手术方式等医疗手段有关,因为胶质瘤具有浸润生长的特征,对神经组织破坏较大,手术难以完全切除,绝大多数胶质瘤在手术和放化疗后复发

5、概率仍较大。胶质瘤分为4个等级：I、II、III、IV。低等级的胶质瘤是高度分化的，患者也往往具有比较良好的预后效果；高等级的胶质瘤则预后效果较差。基于此，利用经过整合了的胶质瘤的基因芯片表达数据作meta分析，这些数据都以统一的标准化来处理，并被映射到了HGNC的genesymbol上；继而利用R软件来进行meta分析；最后利用cox比例风险回归模型来寻找疾病预后的biomarker。本研究的一个重要的应用就是利用多个独立的研究来检验之前作为假设提出的胶质瘤的预后基因，利用meta分析能对同一个课题的多项研究结果的一致性进行归纳概括，对同一课题的多项研究结果作系统性评

6、价和总结，meta分析能够提高统计效能和效应值估计的精确度。关键词：生存分析；生物标记；meta分析；预后；胶质瘤21哈尔滨医科大学本科毕业论文Meta-analysisandsurvivalanalysisofthegeneexpressionofgliomaAbstractAwealthofgenomicdata,inparticularmicroarraydata,ispubliclyavailablethroughdiverseonlineresources.Majordatabaseofgenechipexpressiondata,e.g.ArrayExpre

7、ssandtheGeneExpressionOmnibus(GEO).However,inconsistentformattingamongdatabaseinterfaces,expressiondatastorageandclinicalmeta-dataannotationspresentformidableobstaclestomakingefficientuseoftheseresources.Thedatabaseprovidesmachine-ratherthanmanuallyannotateddata,resulting