英特网上生物信息资源的利用

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1、英特网上生物信息资源的利用本文由3afezq1mn6贡献pdf文档可能在WAP端浏览体验不佳。建议您优先选择TXT，或下载源文件到本机查看。1999;26(3)　　　　生物化学与生物物理进展　　Prog.Biochem.Biophys.295?经验交流英特网上生物信息资源的利用李　勇　倪福太　贺福初(北京放射医学研究所,北京100850)1)摘要　充分利用英特网上完善的生物信息资源是十分有益且必要的.介绍了利用网上生物资源的几种主要方式和一些重要的站点和生物信息搜索引擎.关键词　英特网,生物信息学科分类号　Q7答案.

2、在当今知识爆炸的时代,充分利用这些资源,及时得到所需信息是十分有益且必要的.以下是利用网上生物资源的几种主要方式:111　查阅文献　　EDLINE是美国国立医学图书馆创立的规模M最大、权威性最高的文献数据库.它收录了1966年至今70多个国家出版的生物医学期刊4000多种,内容涉及医学、动植物、微生物、食品等多个领域.其高级检索页面(http:Πwww.healthgate.ΠcomΠhealthgateΠmedlineΠsearch2advanced.shtml)可同时以主题词和作者进行检索,还可选择所查阅文献的年

3、代.MEDLINE也有缺陷,一是它以医学为主,植物学等方面收录不够全面,另一个是只能查到摘要.这些缺陷可由其他在线杂志搜索引擎弥补.搜索引擎yahoo(http:Πwww.yahoo.comΠΠscienceΠbiologyΠjournals)以学科分类收录了上千种各类生物学杂志.哈佛大学的在线图书馆(ht2tp:Πwww.Πmcb.harvard.eduΠlibraryΠejbio.htm)以字母顺序列举了除医学之外的几千种生物学杂志,其中一些杂志可下载全文,包括图表.112　检索数据库　　最主要的生物学数据库是核

4、酸、蛋白质序列数在生命科学高速发展的今天,生物信息成指数增长,这些信息多以数据库的形式存储于计算机中,通过英特网可以免费查阅它们,这就是网上生[1]物信息资源.这种资源形式的优点是:a1便于查寻,只要点击鼠标即可;b1全面,包括了生物学的各个方面且不断充实更新;c1便于自学,无论多么复杂和庞大的数据库、软件或机构,在其网站的主页都有内容介绍或FAQ(FrequentAskQuestion),上面列举了访问者最常遇到的问题及据库及其三维结构数据库.DNA序列数据库主要有:美国国立卫生研究院全国生物技术研究中心(NCBI

5、)的GenBank(http:Πwww.ncbi.nlm.Πnih.gov),欧洲生物信息学研究所的EMBL数据DataBank).NCBI开发的ENTREZ系统综合了上BLASTN用于在核酸序列库检索核酸序列;BLASTP用于在蛋白质序列库中检索氨基酸序列;1)　四平师范学院生物系,四平136000.库,日本的DNA数据库(DDBJ)(http:Πwww.Πnig.ac.jp);蛋白质序列数据库主要是瑞士日内瓦大学的SWISS2PROT;蛋白质结构数据库主要是美国Brookhaven国家实验室的PDB(Protei

6、n述各大数据库的信息和MEDLINE的文献信息,的结构、功能和文献信息[2]其特点是对于每一个序列给出了类似的序列或相关.此外,还有一些专项数据库,如载体序列数据库、人类突变基因数据库、酵母数据库等.113　使用网上软件虽然有GCG、PCGENE等功能强大的商品化软件,但价格昂贵、操作复杂、需要经过专业培训它们的应用.而使用网上软件则避免了上述缺点.网上软件根据功能可分为三类:才能掌握,而且每隔一段时间要升级的缺点限制了库得到与靶序列具有同源性的序列,在一定程度上起到核酸杂交实验的作用,因而被称为电子杂交.NCBI的

7、BLAST软件(BasicLocalAlynnetSearch源性检索工具,由一组功能不同的程序组成,其中11311　同源性检索软件:利用这类软件检索数据收稿日期:1998210207,修回日期:1999201215Tool,局部比对基本检索工具)是较常用的一种同296?生物化学与生物物理进展　　Prog.Biochem.Biophys.　　　　　1999;26(3)TBLASIN则可以在核酸序列中检索氨基酸序列.关杂志、产品、会议通知、网址等信息,可以说是细胞因子的百科全书.　　除了专一主题的消息组外,还有更大规模

8、的生物学家电子论坛,如:BIONET和BIOMOO.BIONET(http:Πwww.bio.net)由美国科学基Π金会创立于1991年,目的是使全世界的生物学家利用网络进行交流,它根据不同专题分为几十个消息组.用户以电子邮件的形式参与消息组的活动;BIOMOO(http:Πbioinformatics.weizamann.ac.ΠilΠBio