lncRNA结题报告模板.pdf

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1、单位+lncRNA分析网页版结题报告2015/12/29目录1项目信息1.1基本思想1.2实验流程1.2.1样本检测1.2.2文库构建和上机测序1.3信息分析流程1.4样品信息2数据过滤2.1原始数据2.2数据过滤统计2.3测序质量分布2.4测序碱基分布3比对分析3.1比对率分析3.2基因区域分布3.3均一性分析3.4比对文件可视化4表达量分析4.1表达量估计4.1.1表达量分布统计4.1.2饱和度分析4.1.3样品实验的聚类4.2差异表达分析4.2.1差异表达分析统计结果4.2.2差异表达基因聚类图4.2.3差异表达基因统计结果注释4.3蛋白互作网络5功能分析5.1GO功能分析5.1.1差

2、异表达基因的GO统计5.1.2GO富集分析5.2GO富集DAG图5.3KEGG通路分析6可变剪接6.1可变剪切分析6.1.1可变剪切事件分类和数量统计6.1.2可变剪切事件结构和表达量6.2新转录本预测7变异分析8已知lncRNA8.1表达量分析8.1.1表达量统计8.1.2表达量分布统计8.1.3样品实验的聚类8.2已知差异表达分析8.2.1已知差异表达分析统计结果8.3已知GO功能分析8.3.1已知差异表达lncRNA的GO统计8.3.2已知差异表达lncRNA的GO富集分析8.3.3已知GO富集DAG图8.4已知KEGG通路分析9NovellncRNA9.1NovellncRNA鉴定9

3、.2编码潜能分析9.2.1CPAT分析9.2.2CNCI分析9.2.3CPC分析9.2.4PLEK分析9.3特征分析9.3.1NovellncRNA长度统计9.3.2NovellncRNA外显子个数统计9.3.3编码基因与lncRNA转录本的长度分布比较9.3.4编码基因与lncRNA转录本外显子分布比较9.4保守性分析9.4.1位点保守性9.4.2序列保守性9.5估计表达量9.5.1NovellncRNA表达量估计9.5.2编码基因与lncRNA表达量的比较9.5.3NovellncRNA表达量分布统计9.5.4NovellncRNA样品实验的聚类9.6Novel差异表达分析9.6.1ln

4、cRNA差异表达分析统计结果9.7靶标预测分析9.7.1NovellncRNA的Cis作用靶标预测及功能注释9.7.2NovellncRNA的Trans靶标预测及功能注释9.7.3WGCNA预测Trans靶标9.7.4NovellncRNA靶基因调控网络分析9.8组织特异性10附录10.1参考文献10.2软件与方法说明10.3结果目录1项目信息1.1基本思想安诺优达lncRNA测序，基于Illumina测序平台，鉴定某个物种在特定组织或者特定时期下表达的NovellncRNA，检测mRNA、已知lncRNA和novellncRNA的表达量，并针对实际样品信息采用灵活的差异分析策略可以找到生物

5、体不同时期、不同组织或不同个体间差异表达的mRNA和lncRNA。对于mRNA，进行功能注释，进而得到mRNA在生物体中参与生命活动的一个清晰的生物信息图谱,mRNA的深层分析包括差异表达分析、可变剪接分析、新转录本预测和变异分析等其他个性化分析；对于lncRNA，深层分析包括保守性分析、靶标预测、功能预测等功能分析。1.2实验流程1.2.1样本检测安诺优达对总RNA的样本检测包括以下3种方法：（1）1%的琼脂糖电泳检测RNA样品是否有降解以及杂质；（2）凯奥K5500分光光度计检测样品纯度（凯奥，北京）；（3）安捷伦2100RNANano6000AssayKit（AgilentTechno

6、logies,CA,USA）检测RNA样品的完整性和浓度。1.2.2文库构建和上机测序每个样品取3µg总RNA作为起始量构建lncRNA文库。使用Ribo-Zero™GoldKits去除样品中的rRNA，根据NEBNextUltraDirectionalRNALibraryPrepKitforIllumina（NEB，Ispawich，USA）的操作说明分别选取不同的index标签建库。文库构建的具体步骤为：首先使用试剂盒去除核糖体rRNA，向反应体系中加入FragmentationBuffer使RNA片断化成为短片段，再以片断后的RNA为模板，用六碱基随机引物（RandomHexamers

7、）合成cDNA第一链，并加入缓冲液、dNTPs、RNaseH和DNAPolymeraseI合成cDNA第二链，经过QiaQuickPCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱经末端修复、加碱基A，加测序接头，经琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段，加UNG酶消化cDNA二链，并进行PCR扩增，最后琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段，从而完成整个文库制备工作。构建好的文库用IlluminaHiSeq/NextSeq500进行测序。