DMol3模块快速入门教程.pdf

《DMol3模块快速入门教程.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在应用文档-天天文库。

1、3使用DMol中的离域内坐标对固体进行几何优化3DMol的面向分子的离域内坐标优化机制为大分子系统提供了一套良好的方案。在MS3Modeling的DMol中，这个机制被扩展到周期性系统。这个基于离域内坐坐标的新型优化工具还有能力处理以下体系：ò高度坐标化系统，比如密堆积固体ò片断系统，比如分子晶体，其中的内坐标并不是遍及整个优化空间ò包含了在优化过程中的迪卡尔坐标限制内部的有效工作表明，对周期性体系而言，这个状态图式的离域内坐标优化方案的效率要比迪卡尔坐标方法高出2-5倍，而迪卡尔坐标方法是先在进行固态计算的标准方法。3在这个指南中，我们将利

2、用DMol的优化工具，使用离域内坐标方法对一分子筛结构进行几何优化。演示包括以下步骤：3ò建立一个计算DMol任务ò控制工作设置并开始计算ò使用服务器控制台控制计算任务ò检验计算结果31.建立一个计算DMol任务第一步是输入需要进行优化的分子筛结构。MSModeling提供了现成的比较广泛的分子筛结构。本例中，我们将优化菱沸石(chabazite)分子筛。点击工具栏里的Import按钮。找到ExamplesDocuments3DModelCHA.xsd并点击输入文件对话栏上的Import按钮。在3D浏览器中右击鼠标，选择DisplayS

3、tyle，把显示方式改为Polyhedron。关闭对话栏。用Polyhedra方式显示的CHA的3D图。3点击工具栏上的DMol按钮选择Calculation，或者从菜单栏里选择3Module

4、DMol

5、Calculation。DMol的计算设置栏首先，选择计算任务。从Task下拖列表中选择GeometryOptimization；把Functional设置从LDA和PWC改为LDA和VWN。在这个任务中将使用DND基组和LDA/VWN汉密尔顿算符。当把计算任务改为GeometryOptimization的时候，More…按钮被激活，从而进行

6、更多与此任务相关的设置。选择More…按钮。3DMol几何优化对话栏显示出来了。这里可以通过改变Quality的水平来设置收敛偏差(ConvergenceTolerance)或者一个个地-5编辑这些值。默认的设置是Medium，包括以下内容：能量为2.0e哈特里的收敛设置，0,004哈特里/埃的最大应力设置，以及0.005埃的最大位移设置。33Quality设置为Medium，关闭DMolGeometryOptimization对话栏。在DMolCalculation对话栏上，转换到Electronic标签。3DMol上的Electronic

7、标签栏显示出来了，这个栏内包括了与电子汉密尔顿算符相关的参数。我们在这个栏内要改变的设置是k-pointset和Orbitalcuttoffquality。把k-pointset和Orbitalcuttoffquality分别设置为Gamma和Coarse。点击按钮More…3显示DMolElectronicOptions对话栏。点击OrbitalCutoff标签，可以看到orbitalcutoff设置的值为3.5埃。关闭对话栏。提示：可以通过点击More…按钮对SCF和k点电子汉密尔顿算符参数进行更加精确的操作和控制。3点击DMolCalc

8、ulation对话栏上的Properties标签。Properties标签显示出来了，可以对需要优化的结构的某些性质进行计算。勾选上ElectronDensity和Electrostatics。2.控制工作设置和运行计算任务3可以使用JobControl标签上的命来来控制DMol计算。3点击DMolCalculation对话栏上的JobControl标签。这里，我们可以选择把计算任务提交到网内的任何一台机器上，并设置不同的选项，这些选项包括计算任务描述、计算是否使用多个处理器运行和使用的处理器的数目等等。可以点击More…按钮来对计算任务进行

9、更多选择，包括实时更新设置和控制计算结束时的任务等等。3现在可以运行DMol计算任务了。点击Run按钮。工作浏览器开始工作，包括了计算状态等信息。产生了一个名为status.txt的文件，里3面含有DMol运行状态。这个文件在计算任务结束以前会隔一段时间自动更新。不久之后，两个名为CHAEnergy.xcd和CHAConvergence.xcd的图表文件显示出来了，它们分别对应于计算的优化和收敛状态。这对于可视化监视计算进程非常有用。3.使用服务器控制台控制计算任务我们可以通过使用服务器控制台来查看实时状态。从菜单栏中选择Tool

10、Serve

11、rConsole。扩展ServerManagement和Jobs节点。3计算任务被名为CHADMolGeomOpt。3点击CHADMolGeomOpt。服务器控制台