利用重复序列设计原核细胞DDRT-PCR引物

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1、农业生物技术学报JournalofAgriculturalBiotechnology2007,15(2):337~340·综述·利用重复序列设计原核细胞差异显示RTPCR引物研究进展*李影, 钱爱东**（吉林农业大学动物科学技术学院动物生物技术重点实验室，长春130118）摘要:由于原核细胞mRNA3＇端不存在ploy(A)结构，因而原核细胞DDRTPCR引物设计不同于真核细胞。尽管不能根据oligo(dT)设计引物，但利用全基因中高度分散重复的短序列或回文序列却能有效地克服mRNA分子结构影响，最大限度地扩增全长cDNA。并且这两种引物设计方法还可以提高RNA指纹图谱的重复性，

2、降低反应的假阳性，为原核细胞DDRTPCR引物设计提供新的思路。关键词:原核细胞；mRNA差异显示技术；引物设计中图分类号：S188文献标识码：A 文章编号：10061304（2007）02033704ProgressofPrimerDesignforaProkaryoticDifferentialDisplayRTPCR LIYing,QIANAidong** DuetothelackofpolyadenylationinprokaryoticmRNA,theprimerdesignofprokaryoticDDRTPCRisdifferentfrom eukaryocyte.

3、Oligo(dT)primersareeffectivelyreplacedwithprimersdesignedaccordingtohighlyiteratedpalindromeincompletegenome.TheprimerdesignmethodcannotonlyovercomeshortcominginprokaryoticmRNAtomaximatilyamplifywholecDNA, butalsoenhancetheRNAfingerprintingreproducibilityandweakenfalsepositive.Itsupplesnovelt

4、houghtforprokaryoticdifferential displayRTPCR. prokaryocyte；differentialdisplayRTPCR；primerdesignmRNA差异显示技术（differentialdisplayre片段，反映出同一类细胞在不同生理状态或在不同versetranscriptionpolymerasechainreaction，生长发育阶段的基因表达情况(邢少辰和林秀峰, DDRTPCR）是一种在转录水平上对基因表达进行2004)。相比之下，原核细胞mRNA3'端不存在ploy 分析的方法，主要通过mRNA3'端与5'端引物

5、的合(A)结构，引物设计尚存在一定难度，这也是该项技理设计和组合，将细胞（或组织）中表达的基因片段术在原核细胞中应用较少的主要原因(Brzostowicz直接显示在聚丙烯酰胺凝胶（或高分辨率琼脂糖凝.,2003;Hill .,2003;Craig ,2002)。目前关胶）上，形成指纹图谱，从中找出在细胞（或组织）中于原核细胞mRNA差异显示技术的引物设计尚无表达的差异cDNA片段。然后将差异片段克隆、测系统而具体的实施方法。因此，根据国内外研究状序，并与基因序列数据库（GenBank、EMBL等）进行况，本文综述了原核细胞mRNADDRTPCR引物对比分析，尽而确定该差异片段的功

6、能（李文雍和陈设计。清轩,2004；杨新艳等,2004；赵锦荣等,2000）。在这项1影响原核细胞DDRTPCR引物设计的主技术中，设计出能最大限度扩增出全长cDNA，并能有效克服、排除细胞内其它RNA干扰的引物是其要因素关键所在。对于真核细胞而言，由于其mRNA3'端存1.1mRNA3'端无ploy(A)结构在ploy(A)结构，那些利用oligo(dT)进行引物设计的在真核细胞中，成熟的mRNA3'端均有多聚腺方法及多种改良方法均能最大限度地扩增出cDNA苷酸即ploy(A)。因而，引物可以根据oligo(dT)与*基金项目：国家自然科学基金项目(No.30471286)和吉

7、林省科技发展计划资助项目(No.20060556)资助。**通讯作者。Authorforcorrespondence.教授,主要从事动物微生物学与免疫学研究。Email:.收稿日期：20060801接受日期：20060928338农业生物技术学报2007年ploy(A)互补配对进行设计。为了尽可能覆盖所有的成二聚体；第七，便于对PCR产物进行分子克隆实mRNA序列，oligo(dT)要另外加有两个固定碱基，即验操作（邢少辰和林秀峰,