《网状进化》PPT课件

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1、基于多个线粒体DNA和核DNA研究中国野兔的基因渗入杂交和网状进化Reticulateevolution:frequentintrogressivehybridizationamongchinesehares(genuslepus)revealedbyanalysesofmultiplemitochondrialandnuclearDNAlociBMCEvolutionaryBiology2011,11:223主要内容研究背景研究方法研究结果讨论及结论主要内容研究背景研究方法研究结果讨论及结论背景背景野兔是独自或成对生活的。在北美洲的北极地区较为普遍的是白

2、靴兔，南部则以长耳兔及其他物种较为普遍。草兔的繁殖力很强，又能适应不同的生活环境，所以分布很广，中国各省几乎都有它们的踪迹。种间基因渗透可能会导致物种基因发生变化，并产生形态中间体，这就使得物种的鉴别变得麻烦。前人已有报道，在野兔中可能存在基因渗透现象。用线粒体DNA和核DNA研究野兔的进化历史，就可以研究，揭示其基因流机制，就可以从基因上解释形态中间体，从而为物种的确切鉴别提供依据中国野兔一直以来根据形态学划分其物种都存在争议，从最开始的七个物种到现在很多形态中间体也作为单一物种，其分类一直是个难点主要内容研究背景研究方法研究结果讨论及结论研物种的选择究

3、DNA提取和PCR扩增方序列分析法分化时间估算方法物种的选择冬天取样中国54个地区，均为主要分布区采用罗氏分类法选取物种，不确定的形态种未选择共收集了8个物种，124个样本，方法物种的选择物种名称主要形态特点L.melainus全体黑色L.mandshuricus全体黑色，除了腹部L.Capensis尾巴最长（80-125mm）L.Sinensis尾巴最短（30-60mm）L.Timidus全体白毛L.Yarkandensis体形比L.Capensis小很多L.oiostolus----L.comusL.hainanus-----划为L.mandshuri

4、cus独特种尾巴背部有黑色斑点独特鉴别鉴别特征鉴别特征方法DNA提取和PCR扩增基因组DNA提取用改良的酚-氯仿法；根据Genbank上已发表的序列设计四种线粒体DNA（Cytb,COXI,ND4andD-loop)的引物采用已发表的论文中的引物扩增核DNA(MGF)PCR产物纯化后测序，在Genbank上比对其同源性；提取到的同一份DNA分别进行线粒体基因和核基因测序；核基因PCR产物直接测序后得到杂合子；具有杂合子的个体克隆后进行双向测序；结果在核基因中有杂合现象，线粒体基因无方法序列分析ClustalX1.81比对，人工校正GENECO软件中的Saw

5、yer’s方法用来分析核酸的进化MEG4里的NJ树法进行系统进化分析，MrBayesv3.0b4中的BI方法作为补充方法分析系统发育Maximumcompositelikelihood用来分析进化距离Modeltest3.7用来分析最佳DNA替代模型Akaik信息量准则用来选择最佳模型e所有的发育树一起构建一个共祖树方法分子钟测试和分化时间的估算Bayesian方法估算分化时间在PAMLv3.14软件中用BASEML创建一个最大似然的输出文件PAML2MODELINF以独立线粒体DNA为数据，构建一个模版文件来估算方差和协方差ESTBRANCHES软件处理

6、方差和协方差数据MULTIDIVTIM软件分析最终的输出数据，估算分化时间两个参数：根据文献L.comusandL.oiostolus(1.83±0.669MYA)根据最早的化石记录L.timidus(0.75MYA)主要内容研究背景研究方法研究结果讨论及结论研线粒体基因和核基因特征究从线粒体DNA推断系统发育结从核基因推断系统发育果线粒体基因和核基因树之间的矛盾结果线粒体DNA和核基因序列特征Atotalof72haplotypesweredefinedfromthe58polymorphicsites,44ofwhichwerepotentiallyp

7、hylogeneticallyinformative.结果从线粒体DNA推断系统发育结果从核基因推断系统发育结果5结果线粒体基因和核基因树间的矛盾线粒体DNA核基因L.Mandshuricus没有单一谱系，它的序列都在L.timidusorL.sinensis中L.Mandshuricus聚成一个单独的谱系级别L.capensis-2,是一个新的单系谱系分成两部分(theL.yarkandensiscladeandtheL.capensisgroup)基因渗入是单向的基因渗入是双向的主要内容研究背景研究方法研究结果讨论及结论1中国野兔属的基因渗透杂交现象2

8、,L.sinensis×L.capensis,L.sinensis