snp芯片技术进展

《snp芯片技术进展》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。

1、SNP芯片技术进展董园园，盛海辉，陈光，张春秀【摘要】SNP具有数量多、分布广、易于快速检测、便于分型等特点，其分析检测技术的发展也引起了众多研究人员的重视，不断有新的检测方法出现。RFLP技术、SBE技术、TaqMan技术、L-RCA技术等为SNP的检测提供了快捷准确的方法。由于SNP之间的关联紧密复杂，因此需要一种有效的检测方法，芯片检测作为一种低成本、高通量的检测方法已成为大规模SNP分析的有力检测工具，将来可为遗传学研究分析、个体化医疗的实施提供强有力的技术保障。【关键词】单核苷酸多态性；芯片；分型；个体化医疗【Abstract】SNPisan

2、genomeanditattractstheinterestofmanyscientists.Itcanbedetectedmucheasierandfaster.Severaldetectionmethodshavebeendevelopedethod,TaqMantechnologyandL-RCAtechnology.Becauseofplicatedrelationshipbeticroarraycangiveaguidanceforpersonalizedmedicineinclinicalandapplyadiagnosisinstrume

3、ntforpersonalizedtreatmentinthefuture.【Keyorphismofmononucleotide;array;personalizedtreatment单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）是指存在于基因组特定位置上的单个核苷酸的变异，即由单个核苷酸置换、颠换、插入或缺失所形成的遗传变异现象。在人类基因组中，已发现的SNP数量超过1000万，其分布密度在100～1000bp不等。SNP作为第三代遗传诊断标记，在疾病基因组学，药物基因组学和群体进化等理论研究中具有重大意义。SN

4、P可直接影响个体间对疾病的易感性、外源物质的代谢差异和药物不良反应表现，因此对SNP的研究在个体化用药、个体化治疗中具有重要的指导作用。大规模SNP分型则需要准确可靠的检测方法作为技术支持，而SNP芯片技术的研究与发展日后可成为分子诊断、临床检验、临床治疗、新药开发等方面的重要研究手段［1〗??1SNP的检测方法与技术传统SNP检测方法包括DNA测序、限制性片段长度多态性（restrictionfragmentlengthpolymorphism，RFLP）、单链构象多态性和变性梯度凝胶电泳等。这些技术必须通过凝胶电泳进行检测，不易实现自动化，且不能进

5、行多重分析，难以大规模开展分析工作。新兴的方法包括TaqMan探针技术、基因芯片技术等。其中基因芯片技术具有高通量、简便快捷、平行化和成本低廉等优点，且芯片技术的高密度探针矩阵可为大规模SNP分型提供一个高效检测途径。芯片技术平台包括微球微点阵，纤维薄膜微点、玻璃片基微点阵芯片等，其探针密度跨越范围几百至上百万不等，其中GoldenGateTM［2〗?所使用的微球芯片密度可达100万，AffymetrixSNP芯片［3〗?密度近200万，可见芯片技术的探针密度可无限扩增。而高通量的大规模SNPs筛选其瓶颈之处取决于DNA的制备方法与制备技术，而非杂交平

6、台的选择。2SNP芯片技术2.1等位基因特异性延伸（allele-specificprimerextension，ASPE）此外Liu等人［4］在对中国人CYP3A基因多态性检测实验即采用了该设计方法完成了中国人CYP3A基因的多态性分型工作（这段增加点内容，RFLP不属SNP芯片，在芯片上做延伸标记，操作难，文献Agenome-icroarraytechnology）。2.2单碱基延伸（singlebaseextension，SBE）技术单碱基延伸技术是目前低密度芯片研发及制备DNA的主要技术。主要通过设计带有双重功能的SBE引物序列，该引物3’端为

7、目的基因的互补序列，退火后在链3’端即SNP位点处延伸上带有荧光信号标记的单个碱基，5’端为与探针互补的标签序列。在目的基因指数扩增步骤之后，单碱基延伸技术进一步线性放大荧光信号并提高检测灵敏度。该法可对随机选取的SNP位点进行准确特异的多重水平筛选［5,6〗?。Hirschhorn等［7〗?选取100多个SNP位点利用SBE方法进行基因分型鉴别，其准确度高达99%。类似反应原理研制的SNPstream技术以PCR产物为模板，384孔板内完成单碱基延伸标记，其多重扩增规模达12重［8〗?。但是由于只加入2种不同类型荧光及一种等位基因延伸引物使得SNPs

8、tream每管反应只能检测1种突变类型，大大降低了SNP的突变类型选择，限制了其在临床上的应用