微生物分类研究现状及典型菌群分析

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1、第10章微生物分类研究概况河南工业大学生物工程学院主要内容微生物分类的目的和意义原核生物的分类系统和典型菌群极端微生物和古菌真菌的分类及典型菌群病毒（自学）一、微生物分类的目的意义分类、命名和鉴定是分类学中相互关联的三要素分类（classification）的目的是将所有的生物按其相似性进行归群，并依据各群间亲缘关系的密切程度排列成一个等级系统。该系统应尽可能反映各生物种群间自然的系统演化关系，每个种群在这个系统中都应有自己的位置。命名（nomenclature）是按照国际准则给每个物种一个（惟一的）公认的名称，以便于科学界的交流和避免物名的混淆。鉴定（ident

2、ification）是确定一个新分离物的特征，并将其归属于已存在的分类单位中的过程。分类学的根本任务是建立物种的系统，这需要基于大量的已知特征的生物个体，而且这些个体应有一个公认的名称，这个系统也为新分离种的确定及新物种的发现提供指导。微生物分类学(microbialtaxonomy)：是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单位（单元）或分类群(taxon)的科学。分类：宏观的战略工作鉴定：微观的战术性工作命名：开拓性的创新工作二、原核生物的分类系统和典型菌群（一）原核生物分类中采用的分类单位主要分类单位次要分类单位界Kingdom门Divisio

3、n亚门纲Class亚纲目Order亚目科Family亚科属Genus亚属种Species亚种关于“属（Genus)”属是种的高一级分类阶元，通常包含具有某些共同特征或关系密切的种。Goodfellow和O’Donnell（1993）认为DNA的G+Cmol%差异≤10%~12%及16SrRNA的序列同源性≥95%的种可归为一个属。种和属是一个物种所必须具有的属性，一个生物个体的名称则是属名加种的形容词。关于“种（Species）”的几点说明种：凡是与典型培养菌（typeculture）密切相同的其它培养菌统一起来区分为细菌的一个种。(伯杰氏手册)typestrai

4、n,typespecies种是分类等级的基本单元，在概念上有下列认识：1987年国际细菌分类委员会颁布，表观特征高度相似，DNA同源性≥70%的菌群可定为一个种。1994年Embley和Stackebrandt认为当16SrRNA的序列同源性≥97%时可认为是一个种，但多相分类研究认为一个种的确定不应只依据一个单一的标准。亚种（subspecies）/变种(variety，×)：某一明显而稳定的特征与模式种不同的种称为模式种的亚种/变种。菌株：(Strain)菌株表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。因此，一种微生物的每一不同来源的纯培

5、养物均可称为该菌种的一个菌株。菌型（form）曾用作菌株的同义词，现已废除，仅作若干变异型的后缀。如噬菌体变异型Phagovar、血清变异型Serovar、生物变异型Biovar、形态变异型Morphovar、致病变异型Pathovar等菌群（group）两种微生物及介于它们之间的一些过渡类型的菌种，具有某些共同性状。如大肠菌群包括大肠杆菌、产气肠细菌及它们之间的过渡类型亚种以下的几个分类名词菌株（品系）一种微生物的每一不同来源的纯培养物Pureculture或纯分离物Pureisolate都可称为某菌种的一个菌株物种遗传多态性的客观反映强调遗传型纯的谱系菌株

6、与克隆概念相通不同菌株间大同小（生化性状、代谢产物）异遗传型纯，当突变时需要重新标注新的菌株名称菌株名称的标注名称可随意确定：实验室、产地、特征，数字编号菌株名称菌株名称=属名+种的加词+菌株代号，菌株代号可随意用字母、符号、编号或字母加编号等自行决定实例大肠杆菌K12菌株E.coliK12E.coliO157:H7：致病性，抗原特征BacillussubtilisAS1.398：产蛋白酶BacillussubtilisBF7658：α－淀粉酶产黄青霉P.chrysogenumNRRL-Q176两歧双歧杆菌BifidobacteriumbifidumATCC295

7、21模式菌株菌落、菌株、菌苔、斜面、菌种、培养物、克隆、分离物、纯培养物（二）原核生物的分类系统伯杰氏细菌分类系统《伯杰氏细菌鉴定手册》是本系统的综合和标准，由美国微生物学会发起编写，最初指定DavidH.Bergey作为编委会主席，于1923年出版第一版，1994年出版了第九版。手册依据表型将细菌划分为33群，将所有细菌归属为原核生物界，并分为4个门：薄壁菌门、厚壁菌门、软壁菌门、疵壁菌门1999年由GeogeGarrity编辑出版了《伯杰氏系统细菌学手册》第二版，其分类系统完全按16SrRNA系统发育研究重新编排，分31部分，描述了869个属和4928个种。

8、《原核生物