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《生物医学领域本体开发项目比较研究.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、16中华医学图书情报杂志2010年5月第19卷第5期ChinJMedLibrInfSc,iVo.l19No.5May.2010研究与探讨生物医学领域本体开发项目比较研究吴正荆,黄薇,牟冬梅,朱晶,李猛[摘要]介绍了国际上发展较好的四类生物医学领域本体,从开发时间、目的、覆盖内容、结构等方面进行了深入比较,总结出目前本体开发中存在的同义词与术语表达、对应关系与间隔尺度等主要问题。[关键词]生物医学;本体;UMLS;OBO;OpenGALEN;OBI[中图分类号]R318[文献标志码]A[文章编
2、号]1671-3982(2010)05-0016-04ComparativestudyonontologyprojectsinbiomedicalfieldWUZheng-jing,HUANGWe,iMUDong-me,iZHUJing,LIMeng(CollegeofPublicHealth,JilinUniversity,Changchun130021,JilinProvince,China)[Abstract]Fourtypesofwell-developedinternationalontologyinbiomedica
3、lfieldwereintroduced.Themajorproblemsindevelopmentofontologyweresummarizedincludingtheexpressionofsynonymsandtermsaswellascorrespondenceandintervalmeasurebycomparingtheirdevelopmenttime,objective,coverageandstructure.[Keywords]biomedicine;ontology;unifiedmedicallang
4、uagesystem;openbiomedicalontology;OpenGALEN;ontologyforbiomedicalinvestigations[1]目前对语义网(SemanticWeb)的探讨主要集中(UMLSknowledgesource)。UMLS由超级叙词表在本体的研究与开发上,国际上生物医学领域的本(metathesaureus)、语义网络(semanticnetwork)、专体研究项目和涉及的研究机构很多。笔者主要对几家词典(specialistlexicon)三部分组成。UMLS可以个有代表性的生
5、物医学领域本体开发项目进行比较解决由于不同系统语言差异性和不同数据库相关情研究,希望能对国内关注本体研究的学者提供有益报的分散性所造成的诸多情报检索问题,帮助用户的信息。从电子病案系统、书目数据库、图像数据库、事实数1生物医学领域本体开发项目的类型据库、专家系统等各种联机情报源中检索和获取综生物医学领域基于语义网的本体研究项目较合性或特定性的情报信息。多,可以归纳为以下4种类型。1.2基于生物医学数据的本体类型1.1基于医学信息检索的本体类型医学数据型本体以开放生物医学本体(openbio信息检索型本体以统一医学语言系统
6、(unifiedmedicalontology,OBO)为代表,它是一系列本体的[2]medicallanguagesystem,UMLS)为代表,是美国国立集合,都使用OBO文件格式表示本体知识。这种医学图书馆1986年开发的,又称为UMLS知识源开放使用的生物医学受控词表和本体构成的协作网络,由美国国立卫生研究院(NIH)提供支持,目的是[基金项目]教育部社会科学基金项目(项目编号:07JA870001),辽将生物医学研究中产生的数据形成一个单一的、一宁省教育厅人文社会科学项目(项目代码:2008Z020)资致的、累积扩大并
7、在算法上易于操作的整体,其核心助的研究成果之一。[3]称为OBOFoundry!。在OBO中比较重要的本[作者单位]吉林大学公共卫生学院,吉林长春130021[4][作者简介]吴正荆(1962-),女,吉林长春人,博士,教授,发表论文体有GO(geneontology,基因本体),CT(celltype,[5]40余篇。细胞类型本体),PO(plantontology,植物本[6][7]体),SO(sequenceontology,序列本体)。OBO中华医学图书情报杂志2010年5月第19卷第5期ChinJMedLibrI
8、nfSc,iVo.l19No.5May.201017-Edit是一个开源的跨平台软件,主要功能是浏览语。OBI本体是为了对各类生物医学实验中的设[8]和编辑OBO文件。计、协议、仪器、材料、程序、数据和分析类型等进行[12]1.3基于临床医学的本体类型协
