AutoDock 4.2 中文版详细教程(最新)

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1、生物分子模拟论坛www.bioms.orgAutoDock使用教程翻译版V1.0ByBioMS小组AutoDockVersion4.2AutomatedDockingofFlexibleLigandstoFlexibleReceptorsGarrettM.Morris,DavidS.Goodsell,MichaelE.Pique,William“Lindy”Lindstrom,RuthHuey,StefanoForli,WilliamE.Hart,ScottHalliday,RikBelewandArthurJ.Olson翻译人员

2、：川大-灰太狼，天理-小新，中大-小肽，大工-阿里巴巴2012-11-201生物分子模拟论坛www.bioms.org目录自动对接引言方法概述新版更新内容理论基础自由能函数的概述使用AutoDock第一步：准备坐标文件使用AutoDockTools生成PDBQT文件第二步：运行AutoGrid利用AutoDockTools创建grid参数文件(GPF)第三步：使用AutoDock进行对接在AutoDockTools中生成对接参数文件(DPF)第四步：评价对接结果对接记录文件中的信息使用AutoDockTools分析对接结果附录1：

3、AutoDock文件格式PDBQT格式的坐标文件AutoGrid格点参数文件：GPF原子参数文件格点文件：Map格点的力场文件AutoDock对接参数文件：DPF格式附录2：利用AutoDock对接柔性环引言柔性环参考文献附录3.AutoDock参考文献2生物分子模拟论坛www.bioms.org自动对接引言Autodock是一个用于预测配体和生物大分子靶标之间相互作用的自动化程序。开发这一程序的灵感源于设计生物活性化合物中遇到的问题，特别是计算机辅助药物设计领域。生物大分子的X-射线衍射技术的进步为我们提供了更多重要的蛋白和核酸

4、分子的结构。这些结构可以作为生物活性物质的靶标，用于控制动植物的疾病，或者可以使人们简单的理解活性物质在生物学方面的作用机理。准确的了解蛋白靶标和这些活性小分子之间的相互作用是十分重要的。因此，我们的目标就是为科研工作者提供一个计算工具，帮助他们研究蛋白质与小分子复合物的相互作用。任何对接计算都有两个相互矛盾的方面需要平衡：在尽可能精准的计算与合理（有限）的计算资源之间达到一个平衡。理想的步骤是通过搜索整个系统可能的自由度，在底物和目标蛋白的结合能中找到全局能量极小值。然而这样的工作只能在大型的工作站上实现，并且耗费和结构生物学家

5、进行晶体结构修饰相当的时间。为了解决这一问题，很多对接软件简化了对接的步骤。Autodock通过两种方法的结合使用解决了以上的问题：快速的基于格点能量的计算方法(rapidgrid-basedenergyevaluation)和有效的扭转自由度搜索方法(efficientsearchoftorisionalfreedom)。此教程介绍了Autodock使用的方法（原理）和文件格式，同时也提供了如何使用AutoDockTools生成对应的文件以及分析结果的方法。3生物分子模拟论坛www.bioms.org开始使用Autodock生物

6、分子模拟论坛（www.bioms.org）为各位愤青提供一个纯学术交流平台，我们倡导Free的分享精神，让大家在一个浓郁的学术氛围中讨论和交流。此AutoDock译文则是在这种精神的鼓舞下应运而生的。在此感谢各位译者的无私奉献！本译文为第一版，参与者均为各高校的在读硕士、博士，也有言不达意之处，希望各位读者将发现的问题或疑问及时反馈到生物分子模拟论坛的分子对接板块上。我们的志愿者将不定期的对教程进行修改和完善，并添加相应的使用实例，尽请期待！AutoDock和其图形化界面准备工具AutoDockTools可在以下网址获得：http

7、://autodock.scripps.edu/该站点同样包括众多关于AutoDock使用的资源，包含详细的AutoDock基础使用教程，柔性环状结构的配体对接教程以及利用AutoDock进行虚拟筛选的教程。可以在下列网址获得：http://autodock.scripps.edu/faqs-help/tutorial4生物分子模拟论坛www.bioms.orgAutoDock的计算通过以下几步实现：1．使用AutoDockTools准备体系的坐标文件（PDBQT文件），2．使用AutoGrid预算原子亲和力，3．使用AutoDo

8、ck把配体对接入受体的活性位点，4．利用AutoDockTools对结果进行分析。步骤1-体系坐标文件的准备。AutoDock4.2的坐标参数文件仅使用蛋白、配体和其极性氢原子的坐标。PDBQT格式（PDB的一种扩展格式）文件被用于保存体系的坐标。