基于领域本体的生物医学文献挖掘算法研究及其系统实现

《基于领域本体的生物医学文献挖掘算法研究及其系统实现》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、ｓｉ窜麵ｐＵＰ嗎。；画ＢＥＩＪＩＶＥＲＳＩＴＹＢＩＮＧＪＩＡＯＴＯＮＧＵＮｊ＾ｊ＾胃顧ｉ专业学位论文基于领域本体的生物医学文献挖掘算法研究及其系统实现ＪＩ顯杨开欣学科专业软化程‘．！指导教师张红延副教授，培养院系软件学院亡三：溫Ｉ．Ｉｍｍｍ．．—ｌ…遲＊．置否。＾１二零＿六年六月Ｆ塞＾邏圓硕±专业学位论文基于领域本体的生物医学文献挖掘算法研究及其系统实现ＤｏｍａｉｎＯｎｔｏｌｏＢａｓｅｄＴｅｘｔＭｉｎｉｎｇＡ

2、ｌｇｏｒｉ化ｍＲｅｓｅａｒｃｈｏｆｇｙ＊化ｍＢｉｏｍｅｄｉｃａｌＬｉｔｅｒａｔｕｉｅｓａｎｄＳｙｓＤｅｓｉｇｎ作者；杨开欣导师：张红延北京交通大学２０１６年６月学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解北京交通大学有关保留、使用学位论文的规定。特授权北京交通大学可Ｗ将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，提供阅览服务，并采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编Ｗ供査阅和借阅。同意学校向国家有关部口或机构送交论文的复印件和磁盘。学校可レッ为存在馆

3、际合作关系的兄弟商校用户提供文献传递服务和交换服务。（保密的学位论文在解密后适用本授权说明）学位论文作者签名：本卽导师签名：／签字日期；年屯月８日签字日期：《？饼４年６月＆日密级：公巧１巧校代巧：０００４北京交通大学硕±专业学位论文基于领域本体的生物医学文献挖掘算法研究及其系统实现ＤｏｍａｉｎＯｎｔｏｌｏＢａｓｅｄＴｅｘｔＭｉｎｉｎｇＡｌｏｒｉｔｈｍＲｅｓｅａｒｃｈｏｆｇｙｇＢｉｏｍｅ山ｃａｌＬｉｔｅｒａｔｕｒｅｓａｎｄＳｓｔｅｍＤｅｓｉｇｎ

4、ｙ１４１２６１６４；作者姓名；杨开欣学号；导师姓名：张红延职称副教授工程硕±专业领域：软件工程学位级别：硕±北京交通大学２０１６年６月ｉ致谢两年的研巧生生涯即将结束一，我的学生生涯也要告段落，伴随着企业实习和应聘阶段的到来：，更是我们要奉献和回报社会的时刻。在此论文完成之际首先，要感谢我的导师张红延，感谢她两年内精也的培养Ｗ及教育。从论文的选题、研巧方向上的把握、模型理论方面的指导到论文内容细节的敲定张老师都给予我极大的指导。张老师严谨的治学态度，精益求

5、精的科研精神，髙尚的工作作风，都将使我受益终身。其次，还要感谢研巧院的孙老师在我实习阶段给予实验条件［＾及生物理论方面的帮助。她们富有耐必。，善于鼓励培养和挖掘学生的潜能最后，特别要感谢的是我的亲人，我能顺利的完成硕±学业，都离不开他们的关爱和支持。对于他们的辛苦付出和默默耕拉，在此由衷的表示感谢。两年时光飞逝，在北京交通大学的求学经历极大的拓宽了我的人生视野，让我见识到外面更广阔的世界。在毕业离校之际，对导师、同学、亲人、朋友献上！最真诚的的敬意，谢谢你们ｉｉ北京交通

6、大学硕七专业学位论文摘要随着生物技术的迅速发展，生物医学文献资源正レッ指数速度増长。ＭＥＤＬＩＮＥ／ＰｕｂＭｅｄ作为世界上公认的最具权威的生物医学文献数据库，收录了超过２０００万条对应目录。面对如此大规模的文献资源，如果仅仅＾斗手动方式查询跟踪相应主题领域信息是相当困难的。因此，对生物医学文献进行文本挖掘，从海量的文献中提取相关知识一，已经成为近年来研巧的热点之。本文生化网络为一，些关键技术进行了研巧主题并结合公司实际项目对生物医学文献挖掘中的，主要的工作结果如下：１、针

7、对于传统检索人工筛选生物医学文献中耗时巨大、筛选不完全等不足之处，根据传统机器学习模型支持向量机（ＳｕｐｐｏｒｔＶｅｃｔｏｒＭａｃｈｉｎｅ，ＳＶＭ）分类模型，结合领域本体论（包括基因本体，疾病本体等），提出了针对于生物医学文献的特定领域改进的ＳＶＭ算法。实验证明，该算法相对比传统的ＳＶＭ分类算法拥有较髙的综合指数Ｆ１值达７７．２３％。２、针对在生物医学文献中挖掘复杂临床表型（病人病症表现）与致病基因关一匹配的不足之处联需要手动逐，提出了基于标准人类表型本体（ＨｕｍａｎＰｈｅｎｏ

8、ｔｙｐｅＯｎｔｏｌｏｇｙ，ＨＰＯ）的临床表型与致病基因自动匹配算法。实验证明，该算法拥有较快的运行时间（５分钟处理２１６个样本匹配）和较高的效率。３、结合现有的生物医学领域文本挖掘工具和Ｗ上机器学习等相关算法给出综合性的系统集成方案。该集成系统基于Ｊ２ＥＥ构架，具有较强的健壮性、可移植性和稳定性。本文针对生物医学文献检索结果进行分类筛选、疾病表型与致病基因间的关联关系进行