常用的生物信息学软件的介绍和文献依据

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1、名称简介参考文献备注ALINE 一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器19390156  AMDA用于自动微阵列数据分析的一个R包16824223  AmiGO访问本体论和注释数据19033274  AnnotationSketch基因组注释绘图库，基因组特征可视化19106120  Arcadia代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示20453003 ArchTEx下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化22302569 ArrayExpress将ArrayExpress数据集导入到R/Bi

2、oconductor中19505942 ArrayExpressHTS用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程21233166 arrayMagic双色cDNA微阵列质控和预处理15454413 arrayQCplot用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件16864592 BALL生物化学算法库20973958 BALLView用于分子建模研究和教育的一个工具16332707 BamTools分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包21493652 BatchBlast Extractor批量Blast提取器：一

3、个自动的blastx剖析器应用程序18831775 BayesPeak分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别21245054 BEDTools比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，GFF格式文件20110278 BEST结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序15814553 BIGpre一个下一代测序数据质量评估程序包22289480 BiNGO一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件15972284 Bio++用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++

4、库16594991 BioCoder一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言21059251 BioJavaJava语言编写的一个生物信息学开源框架18689808 biomaRt生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析（bioconductor）间的强力连接16082012 Biopython适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具19304878 BioRuby适用于Ruby编程语言的生物信息学软件20739307 BioWarehouse一个生物信息学数据仓库整合工具包16556315 birgHPC

5、为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版21398666 Biskitpython编写的一个结构生物信息学软件平台（库）17237072 BisoGenet一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件20163717 BlastR非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索21624887 Bowtie比对短DNA序列片段到大型基因组上的一个超快、内存高效的程序19261174 Bpipe一个运行和管理生物信息学流程的工具22500002 BRAT重亚硫酸盐处理的片段分析工具20031974 BRAT

6、-BW重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对22563065 Brian一个Python编写的脉冲神经网络模拟器19115011 BSMAP全基因组重亚硫酸盐测序比对程序19635165 BugView用于比较基因组的一个浏览器，Java编写14693822 Caryoscope在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个开源Java应用程序15488149 CEAS顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释19689956 CentiLib网络中心性的综合分析和探索22390940 Cerebral一

7、个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件17309895 ChemmineR18596077 一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R框架ChIPDiff从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别的一种HMM方法18667444 ChIPMunkChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘20736340 ChIPpeakAnno一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包20459804 ChIPseqR核小体定位和组蛋白修饰ChIP-se

8、q实验分析21281468 Chipster用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件21999641 CisGenome一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统18978777 Cl