Discovery Studio Visualizer简易教程.pdf

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1、DiscoveryStudioVisualizer精简教程哈尔滨医科大学PDB:3K9F解鸿波工具栏工具导航栏主窗口Ctrl+HCtrl+T氨基酸残基氨基酸相应性质Ctrl+D编辑原子必须先线型显示选择原棍型显示子球棍显示编辑蛋白线型显示必须先棍型显示选择原线型条带子条带改变背景颜色View>Toolbars>ViewView>Toolbars>Sketching区旋平放画分子工具域转移大（不推荐使用）选缩择小PDB编号代表晶格侧链编号点加号+蛋白（或DNA查看侧链氨基酸及编号等大分子）所含有氨点加号+按字母顺基酸残基查看氨基酸

2、所序排列含有原子*不同部分字母重新配体分子去除对勾循环表示隐藏其他分子例如水等显示配体和周围形成的氢键作用1.仅显示配体2.Structure>Monitor>HBonds分子，并双击选中，分子显3.显示和配体可以形成氢键示为黄色。的氨基酸序号及相应原子将氨基酸以棍状形态显示，Stick默认氢键为绿色size调整为0.10和配体以示区别，并不显示其带状二级结构选中分子，查看其他相互作用Tools>AnalyzeComplexes>Show2DDiagram选中分子，给分子增加表面Structure>Surface>AddStru

3、cture>Monitor>Distance选中两个原子，测距离单位为（Å）Structure>Monitor>Torsion选中两根化学键，测角度查看蛋白序列查看蛋白拉氏图Chart>RamachandranPlot选择原子>右键>Attributesof…查看原子坐标BuildandEditNucleicAcid工具BuildandEditProtein工具（不是蛋白三维结构，需要做从头预测）CreatePharmacophoreManully工具（根据已知分子构建药效团，但不实用）写字板打开*.pdb文件查看信息，内附原子

4、坐标，原子类型及氨基酸序号等信息。HIV-1蛋白酶No.1PDBcode:3OXC沙奎那韦（Saquinavir）p38MAP激酶No.2PDBcode:3GCS索拉菲尼（Sorafenib）HMG-CoA还原酶No.3PDBcode:1HWI氟伐他汀（Fluvastatin）神经氨酸酶PDBcode:4KS1No.4达菲（Tamiflu）青霉素结合蛋白No.5PDBCode:3ITA氨苄西林（Ampicillin）