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时间:2019-06-19
《举个栗子-ncbi设计引物》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、如何用ncbi设计引物1.打开ncbi主页,在选项栏选择gene,输入要搜索的基因名字,如果有ID号,可以直接搜索ID。2.在结果页找到genebank,获得目的基因序列3.目的基因序列1.获得目的基因序列之后,可以选择最简单粗暴的方法复制粘贴到seqbuilder,或者从ncbi导出文件,如图,右上角有个send,点开可以选择输出文件。一般选择FASTA格式。如果想直接用ncbi在线设计引物的,可以选择pickpremiers,想要验证特异性的点击runblast接着继续说设计引物,跳转到引物设计页面之后,模板就已经输入好了,我们只需要调整一下引物的参数,如果产物长度啊,引物Tm值之类的在
2、页面最下方还有一个advancedparameters,点开会有更详细的引物参数可以修改,一般默认的就够用啦,不太需要改变参数选好之后,最后就可以点击getpremier得到引物结果。Detailreports有每一条引物的详细数据。虽说premierblast使用很方便,但是引物的可选择性太少,所以大部分人都是手动或者软件设计,最后再用blast验证特异性。如何验证特异性?1.打开ncbi主页,点击blast1.输入要验证的序列,选择合适的数据库,选择要验证的基因组,点击blast,结果就出来啦。结果页首先是序列的基本信息,后面会有详细图谱,每个同源序列的信息也会列出来基本就是这样子了,设
3、计引物就是一个不停筛选的过程。
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