CR引物设计及相关软件数据裤的使用

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1、分子生物学实验课1、欢迎大家参加分生实验的学习；2、学习分生实验的重要性；3、课堂上守纪律，听老师安排，做实验穿白衣；4、每组做一份实验5、上课时间：上午8:00,下午13:00.6、每天实验结束应主动整理实验台，值日安排。实验仪器的使用及注意事项加样器离心机一、加样器1、用途2、如何使用？根据取样量，选择合适的加样器。顶部标有加样器的最大量程，分别为：20ul:0.5~20l100/200ul:20~100/200l1000ul:200ul~1000l5ul、50ul、500ul，应选择哪个加样器?练习：加样器读

2、数为100，实际体积各为多少?(1)首先观察目前读数,假设为050:1000l:500l100/200l:50l20l：5l(2)顺时针调节---读数变小逆时针调节---读数变大(3)加样器读数处于最大量程或最小量程时，如果向错误方向调节，超出量程，将会损害加样器的精度。如何调节加样器。1）选择加样器观察读数；调节读数；2）安装吸头（紧密）；3）吸取液体按加样器第一挡；将吸头插入液面下适当深度；松开拇指（缓慢）,吸取液体4）打出液体抬起加样器；估计体积是否正确；移入容器；按到加样器第二档；打出液体（匀速）加样

3、器使用步骤(示教及学生练习)：加样器使用注意事项：1）吸头的安装（紧密）不要用手直接拿吸头，安上吸头后一定要再固定一下2）吸取液体枪头不能插入过深或过浅，过深可能会腐蚀加样器,过浅可能会吸入空气。吸取完液体后，估计体积的准确性（加样器可能会不准）吸头内有液体时，不能将加样器倒置或平放，以防液体倒流损坏加样器！3）打出液体观察吸头内液体是否完全打出1、打开电源2、离心管中的液体为2/3,盖紧盖子,防止离心机被腐蚀。1代表转速盘上方的数据2代表下方的数据。3、样品配平,对称放入离心机(管的连接处朝外).二、离心机4、设定时间

4、(旋转时间转扭，然后自己记时间）。5、统一离心，逐渐升到要求转速。六个小组统一用一个离心机一起离心实验课的整体安排基因克隆3天.RNA提取逆转录及PCR重组质粒5天.重组质粒提取及酶切TA连接,T载体转化，平板筛选2天，基因组DNA提取及酶切后电泳离1天.序列查找及引物的设计4天PCR引物设计及相关软件数据库的使用..本次实验课课件不允许拷贝介绍如何查找基因的序列介绍NCBI的数据库，及检索页面介绍如何设计PCR引物，及设计引物的注意事项扩增目的基因的全长扩增目的基因的任意一部分讲解的内容（上午）介绍常规的生物学软件的使

5、用Primer5.0;Oligo6.0;Blast;PCRDESIGN；讲解的内容（上午）(一）如何查找基因的序列观看录像GenBank数据库GenBank---序列数据库GenBank---是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/1.打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/网络演示1.根据文献如果你在文献种看到你感兴趣的基因，而且文中还提到在Genbank中的ID号直接打开http://www.ncbi.nl

6、m.nih.gov/，在search后下拉框只中选择Nucleotide，把GnebankID号（AJ318831.1)输入GO前面的文本框中，点Go就可以找到了。例如：在2012年发表Biotechlogyletters文章(TheFMDVserotypebovineOFMDVusedtochallengesucklingmicewasstrainO/CHA/2/99(GenBankNO.AJ318831.1).http://www.ncbi.nlm.nih.gov，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，

7、把GenbankID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了注意：同学们应该学会看Genbank数据库中基因的ID号打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“IFN-gamma”，点击GO...2.从Gene数据库中直接查找序列检索42项，哪一条是呢？（这也许是大多数人对Genbank的第一印象，东西太多，不知道是哪一个。）利用limits—高级检索Limits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限制

8、，这样能大大精简查询结果。这样就能获得我们所想要寻找的基因信息。提醒：注意一下右侧的基因相关信息，很有用的。可以看到Genomicregions,transcripts,andproducts，这里显示了该基因在基因组中的位置，以及转录本的生成情况：若你只想获得序列（例如设计PCR引物，可以选择FASTA格式。FAS